Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,976,527 | Δ776 bp | insB5–insA5 | insB5, insA5 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1976527–1977294 | 1977302 | 9–776 | 306 [0] | [0] 309 | insB5–insA5 | insB5,insA5 |
New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NC_000913 | = 1976526 | 0 (0.000) | 277 (0.890) | 129/168 | 0.3 | 100% | intergenic (‑305/+16) | b1892/insB5 | FlhD/IS1 protein InsB |
? | NC_000913 | 1977303 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA5/yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCG > NC_000913/1976434‑1976618 | gTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGt < 1:6409952‑M1/93‑2 (MQ=255) aCTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtata < 2:5610107‑M1/93‑5 (MQ=255) cTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 1:6126160‑M1/93‑6 (MQ=255) cTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa > 1:2065541‑M1/1‑88 (MQ=255) cTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 2:6347837‑M1/93‑6 (MQ=255) cTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAAGGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 1:2982304‑M1/93‑6 (MQ=255) cacacgCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:337778‑M1/92‑7 (MQ=255) acacGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt < 1:7254224‑M1/93‑8 (MQ=255) cacGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtc < 1:2263806‑M1/93‑9 (MQ=255) cacGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtc > 2:5524503‑M1/1‑85 (MQ=255) ctcacataCAACGGAGGCGTGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGAGCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcat < 1:4087321‑M1/91‑11 (MQ=255) cGCAAATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcat > 2:8325873‑M1/1‑83 (MQ=255) gCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcata < 2:2469021‑M1/93‑12 (MQ=255) acaTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact > 1:8331373‑M1/1‑80 (MQ=255) aTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 2:5676712‑M1/1‑78 (MQ=255) aTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt < 1:4989332‑M1/93‑16 (MQ=255) aCAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg < 1:4436424‑M1/93‑18 (MQ=255) cAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt < 2:6282789‑M1/93‑19 (MQ=255) cGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgtttt < 1:7970021‑M1/93‑22 (MQ=255) cGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgtttt < 2:7229161‑M1/93‑22 (MQ=255) ggAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg < 1:8716031‑M1/93‑23 (MQ=255) ggAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg < 1:6823864‑M1/93‑23 (MQ=255) gAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg > 2:337419‑M1/1‑70 (MQ=255) gAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg < 2:7317888‑M1/93‑24 (MQ=255) ggggggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggt < 1:8545199‑M1/93‑26 (MQ=255) ggggggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggt > 1:3230955‑M1/1‑68 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc < 2:665297‑M1/93‑33 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:8573090‑M1/1‑61 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 2:4371131‑M1/1‑61 (MQ=255) tGCGATGTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc < 1:4541741‑M1/93‑33 (MQ=255) ctattTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaa < 2:6312436‑M1/91‑35 (MQ=255) aTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc < 1:3588399‑M1/93‑37 (MQ=255) ttttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct < 2:7902550‑M1/93‑38 (MQ=255) ttttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct < 2:1471805‑M1/93‑38 (MQ=255) tttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctg > 2:2656157‑M1/1‑55 (MQ=255) tttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctg > 2:1592888‑M1/1‑55 (MQ=255) tttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctg < 1:5707544‑M1/93‑39 (MQ=255) ttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt > 2:5204157‑M1/1‑54 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta < 2:3428791‑M1/93‑42 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaa < 2:6520944‑M1/93‑44 (MQ=255) taatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTAC‑TAACATAAATGtataagtcatacttttggttttggtgtattttaatctgttaaaaa > 2:7848693‑M1/1‑48 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:6345558‑M1/93‑48 (MQ=255) gCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt < 1:3858305‑M1/93‑49 (MQ=255) cGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttt < 2:804224‑M1/93‑50 (MQ=255) cGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttt < 2:8184624‑M1/93‑50 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttt < 1:7327633‑M1/93‑51 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttt > 2:852360‑M1/1‑43 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttt < 1:5826590‑M1/93‑51 (MQ=255) tGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt < 2:5317274‑M1/93‑52 (MQ=255) aTGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg < 2:4621673‑M1/93‑54 (MQ=255) aTGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg < 1:4198281‑M1/93‑54 (MQ=255) tGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttctc > 1:5968438‑M1/1‑39 (MQ=255) cAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcta < 1:2593926‑M1/93‑57 (MQ=255) cAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcta > 1:7475048‑M1/1‑37 (MQ=255) cAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcta < 2:7746521‑M1/93‑57 (MQ=255) aGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctac > 1:6949754‑M1/1‑36 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgct > 2:3676416‑M1/1‑33 (MQ=255) acacaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctag < 1:5501194‑M1/93‑63 (MQ=255) acacaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctag > 1:2904874‑M1/1‑31 (MQ=255) acacaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctag > 1:2749341‑M1/1‑31 (MQ=255) cacaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc < 1:1630583‑M1/93‑64 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagca > 1:8121959‑M1/1‑29 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaa < 2:7126780‑M1/93‑66 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaa > 2:7352154‑M1/1‑28 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaa < 2:8568074‑M1/93‑66 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagc > 2:5937252‑M1/1‑26 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagc < 2:5160166‑M1/93‑68 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagc < 2:4260767‑M1/93‑68 (MQ=255) aaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagca < 2:1345934‑M1/93‑69 (MQ=255) aaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagca > 1:1113010‑M1/1‑25 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaa > 1:8431297‑M1/1‑24 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaa > 1:2784869‑M1/1‑24 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcagacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcttcgctagcaagcaa < 2:4476121‑M1/93‑70 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaa < 1:6521105‑M1/93‑71 (MQ=255) acTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaa > 2:3034357‑M1/1‑22 (MQ=255) cTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaa > 2:6962547‑M1/1‑21 (MQ=255) cTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaa > 2:113717‑M1/1‑21 (MQ=255) tCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaat < 2:7572025‑M1/93‑74 (MQ=255) tCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaat > 1:5185578‑M1/1‑20 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatga > 1:1024166‑M1/1‑18 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaa < 2:5984380‑M1/93‑77 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaa > 1:1317957‑M1/1‑17 (MQ=255) ttACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaa > 1:4825889‑M1/1‑16 (MQ=255) tACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaac > 2:2766642‑M1/1‑15 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaaca < 1:1828434‑M1/93‑80 (MQ=255) cTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacag > 2:4938430‑M1/1‑13 (MQ=255) cTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttgtgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacag < 1:369238‑M1/93‑81 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacagg < 2:1743937‑M1/93‑82 (MQ=255) tAACATAAATGtataactcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagattttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacagga < 2:1209259‑M1/93‑83 (MQ=255) aCATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaat > 1:7826967‑M1/1‑9 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataa > 1:7910879‑M1/1‑7 (MQ=255) tAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataat < 2:3265250‑M1/93‑88 (MQ=255) tAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataat > 2:204720‑M1/1‑6 (MQ=255) tAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataat < 2:221048‑M1/93‑88 (MQ=255) aaaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatc > 1:532754‑M1/1‑5 (MQ=255) aaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcg > 2:3919519‑M1/1‑4 (MQ=255) aTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcga > 2:7420794‑M1/1‑3 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaa > 2:2585456‑M1/1‑2 (MQ=255) gtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaa > 1:7030667‑M1/1‑1 (MQ=255) gtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaa < 2:1911681‑M1/93‑93 (MQ=255) | CGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCG > NC_000913/1976434‑1976618 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |