| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,185,128 | 0 | C | T | 66.6% | 400.4 / 267.1 | 299 | A734V (GCG→GTG) | rpoC | RNA polymerase beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/44); new base T (96/103); total (152/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
TGAAACCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTG > NC_000913/4185036‑4185220 | aaaCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTgg < 1:1141954/93‑1 (MQ=255) aCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGca > 2:3177222/1‑93 (MQ=255) aCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGca > 2:38545/1‑93 (MQ=255) aCCGTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGca > 2:7710213/1‑93 (MQ=255) gTGATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAg < 1:8689322/93‑1 (MQ=255) gATTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGAt > 1:6483904/1‑93 (MQ=255) aTTAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGAtt > 1:494334/1‑93 (MQ=255) ttAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTc > 2:3768763/1‑93 (MQ=255) ttAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTc < 1:171796/93‑1 (MQ=255) tAACCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCg < 1:989918/93‑1 (MQ=255) aaCCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGt < 2:8229108/93‑1 (MQ=255) aCCGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTc < 1:3312498/93‑1 (MQ=255) ccGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCa > 2:7348311/1‑93 (MQ=255) ccGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCa > 1:2081109/1‑93 (MQ=255) cGTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTAGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAg < 1:3705786/93‑1 (MQ=255) gTGACGGTCAGGAAGAGAAGCGGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCTGc > 1:4587597/1‑93 (MQ=255) gTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGc > 2:2175772/1‑93 (MQ=255) gTGACGGTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGc > 2:5240877/1‑93 (MQ=255) ggTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt < 2:1575084/93‑1 (MQ=255) ggTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt < 1:2547836/93‑1 (MQ=255) ggTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt > 2:7416952/1‑93 (MQ=255) ggTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt > 1:201002/1‑93 (MQ=255) cgTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCt < 1:2648901/92‑1 (MQ=255) gTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTg < 1:897649/93‑1 (MQ=255) gTCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTg > 2:4409266/1‑93 (MQ=255) tCAGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTgg < 1:4449530/93‑1 (MQ=255) aGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTa > 2:754375/1‑93 (MQ=255) aGGAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTa < 2:5509420/93‑1 (MQ=255) ggAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTAt > 2:801463/1‑93 (MQ=255) ggAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTAt < 2:3460052/93‑1 (MQ=255) gAAGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATg > 2:866621/1‑93 (MQ=255) aaGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGc > 2:1717602/1‑93 (MQ=255) aaGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGc > 1:7004021/1‑93 (MQ=255) aaGAGAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGc > 2:5561272/1‑93 (MQ=255) agagAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCg < 2:1179124/93‑1 (MQ=255) agagAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCg < 1:658696/93‑1 (MQ=255) agagAAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCg > 1:1859171/1‑93 (MQ=255) gagaAGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGt < 2:2507819/93‑1 (MQ=255) agaAGCAGGTTTCCTTAAACAGCATCCTCATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTg < 1:5092073/93‑1 (MQ=255) aaGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGt > 1:6813543/1‑93 (MQ=255) aaGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGt > 2:5708527/1‑93 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTc > 2:4979244/1‑93 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTc > 1:3389437/1‑93 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCTCAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTc > 1:407375/1‑93 (MQ=255) aGCAGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTc > 1:2775009/1‑93 (MQ=255) ctgTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGTCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGa < 1:586437/91‑1 (MQ=255) aGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTgt > 2:6719292/1‑92 (MQ=255) aGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGa > 2:7908419/1‑93 (MQ=255) aGGTTTCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGa < 2:616429/93‑1 (MQ=255) tttCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATgg < 1:3772207/93‑1 (MQ=255) tgccTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGc < 1:844995/91‑1 (MQ=255) tCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCg < 1:8581428/93‑1 (MQ=255) tCCTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCg < 1:5759962/93‑1 (MQ=255) tcTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGa < 1:7412161/92‑1 (MQ=255) cTTCAACATCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGaa > 2:7785572/1‑93 (MQ=255) cTTCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGaa < 2:5053381/93‑1 (MQ=255) tCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGc < 1:6633140/93‑1 (MQ=255) tCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGc < 2:1482364/93‑1 (MQ=255) tCAACAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGc < 1:945047/93‑1 (MQ=255) aaCAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCg > 2:6116914/1‑93 (MQ=255) aaCAGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCg > 2:3010078/1‑93 (MQ=255) aGCATCTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGAt > 1:4755173/1‑93 (MQ=255) cTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTc < 1:7249801/93‑1 (MQ=255) cTACATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTc < 1:2275333/93‑1 (MQ=255) aCATGATGGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGGGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCca > 1:7803488/1‑93 (MQ=255) tgatgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatcc > 1:5685872/1‑92 (MQ=255) gatgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatcat < 2:938778/93‑1 (MQ=255) gatgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCGGCGGCACAGATTGGTCAGCTTGCTGGTAGGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCcatcat < 1:8090422/93‑1 (MQ=255) atgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCatcatc < 2:2065103/93‑1 (MQ=255) atgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCatcatc < 1:3934091/93‑1 (MQ=255) atgGCCGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCatcatc < 1:5957577/93‑1 (MQ=255) ccGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGaaa > 2:5900727/1‑93 (MQ=255) cGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAAc > 1:1663305/1‑93 (MQ=255) cGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAAc > 1:1936482/1‑93 (MQ=255) cGACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAAc < 1:822161/93‑1 (MQ=255) gACTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACg > 1:7237331/1‑93 (MQ=255) aCTCCGGTGCGCGTGGTTCTGTGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGc > 1:6370878/1‑93 (MQ=255) cTCCGGTGCGCGTGGTTCTGCGGCACAGATTCGTCAGCTTGCTGGTATGCGTGGTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGcc > 1:5318627/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |