| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,015,850 | T→C | Q558R (CAG→CGG) | b0955 ← | putative ATP‑dependent protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,850 | 0 | T | C | 99.3% | 929.5 / ‑3.8 | 271 | Q558R (CAG→CGG) | b0955 | putative ATP‑dependent protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (121/147); minor base A (1/1); total (122/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC > NC_000913/1015760‑1015939 | gATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCgg > 1:1513701/1‑93 (MQ=255)gATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCgg > 2:1754303/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGAt < 2:3256990/93‑1 (MQ=255) tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGAt > 2:3595144/1‑93 (MQ=255) cAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATg < 2:7485506/93‑1 (MQ=255) gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGt < 1:7175031/93‑1 (MQ=255) gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGt > 1:6603486/1‑93 (MQ=255) gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGt > 1:4616522/1‑93 (MQ=255) tCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGttt < 1:3191988/93‑1 (MQ=255) ggAATAAACCAGTTGAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGc > 1:401365/1‑93 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt > 1:6252233/1‑93 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt < 2:6288588/93‑1 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt < 1:5135434/93‑1 (MQ=255) aTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATc > 1:537633/1‑93 (MQ=255) tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCa < 2:4201973/93‑1 (MQ=255) tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCa > 2:8158148/1‑93 (MQ=255) aaaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAg < 1:3547228/93‑1 (MQ=255) aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGc < 1:976376/93‑1 (MQ=255) aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGc < 2:4359612/93‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgt > 2:4009295/1‑93 (MQ=255) cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc > 1:3689572/1‑93 (MQ=255) cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc < 2:7069750/93‑1 (MQ=255) 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ccAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 2:6111924/93‑1 (MQ=255) cAACGTAATGGCCATGGAAAAAGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCt < 2:263498/93‑1 (MQ=255) aaCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt > 2:5856588/1‑93 (MQ=255) aaCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt < 2:3522074/93‑1 (MQ=255) aCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTc > 2:162831/1‑93 (MQ=255) aCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCAGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTc > 2:520055/1‑93 (MQ=255) aaTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCa < 1:7902780/93‑1 (MQ=255) aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCAt > 1:7676474/1‑93 (MQ=255) 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cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:6706735/93‑1 (MQ=255) cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 1:7417131/93‑1 (MQ=255) cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCATCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:1209827/93‑1 (MQ=255) cGTGCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:4943144/93‑1 (MQ=255) ttCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGc > 1:378881/1‑93 (MQ=255) tCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGcc < 1:1038076/93‑1 (MQ=255) | GATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC > NC_000913/1015760‑1015939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |