| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 148,799 | G→A | intergenic (‑4/+8) | panC ← / ← panB | pantothenate synthetase/3‑methyl‑2‑oxobutanoate hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 148,799 | 0 | G | A | 99.7% | 995.2 / ‑5.3 | 283 | intergenic (‑4/+8) | panC/panB | pantothenate synthetase/3‑methyl‑2‑oxobutanoate hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (128/154); total (128/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GGTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCG > NC_000913/148709‑148888 | ggTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATg < 2:7150033/93‑1 (MQ=255) gTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGa < 2:2607765/93‑1 (MQ=255) tAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAc < 1:1161471/93‑1 (MQ=255) tAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAc > 2:8091689/1‑93 (MQ=255) tAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAc < 1:2922180/93‑1 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTc < 1:5118258/93‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc > 1:3740501/1‑93 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc < 1:7598814/93‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc < 2:4400232/93‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc < 2:2760074/93‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGGTTCGATAATTAACACAACATGACTcc > 1:2568484/1‑93 (MQ=255) cACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCt < 2:3563234/93‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCtt < 1:4039226/93‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAAAACAACATGACTCCtt > 1:1342641/1‑93 (MQ=255) aCCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGCTTCGATAATTAACACAACATGAATCCtt > 1:2317836/1‑93 (MQ=255) ccAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGGTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTa > 1:8255163/1‑93 (MQ=255) ccAGCGCCACGCGCTTGCCTGCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTa < 1:6084040/93‑1 (MQ=255) aGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAAt > 1:7829815/1‑93 (MQ=255) aGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAAt < 2:648858/93‑1 (MQ=255) gcgcCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATg > 2:554824/1‑93 (MQ=255) cgcgCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACt < 1:75482/93‑1 (MQ=255) gcgcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtg < 2:5937327/93‑1 (MQ=255) cgcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgt < 2:1549806/93‑1 (MQ=255) gcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgtg < 2:2123290/93‑1 (MQ=255) gcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCACCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgtg > 1:7110513/1‑93 (MQ=255) cTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCCAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTgtgt < 2:4831333/93‑1 (MQ=255) ttGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGtt < 1:6638144/93‑1 (MQ=255) tGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttc < 1:5649732/93‑1 (MQ=255) tGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGAGGCAGGGAATCGATAATTAACACAAGATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttc > 1:4633887/1‑93 (MQ=255) gCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttct < 1:7175278/93‑1 (MQ=255) gCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttct < 1:194163/93‑1 (MQ=255) ccgtCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttctt < 2:1151420/90‑1 (MQ=255) ccTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttctt < 2:8554418/93‑1 (MQ=255) ccTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGgtctt > 2:7698588/1‑93 (MQ=255) cTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttcttc > 2:2883559/1‑93 (MQ=255) cTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGAGttcttc > 1:5928565/1‑93 (MQ=255) ttCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCg > 2:1786123/1‑93 (MQ=255) ttCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCg < 2:1028671/93‑1 (MQ=255) ttCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCg > 1:5184319/1‑93 (MQ=255) ccATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGcc > 2:2713102/1‑93 (MQ=255) cATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGccc < 1:8434468/93‑1 (MQ=255) aCGCAGGCGGCGAATTTGCTTACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGa < 1:6484841/93‑1 (MQ=255) aCGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGa < 2:4022095/93‑1 (MQ=255) cGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGTGGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGAt < 2:4736131/93‑1 (MQ=255) cGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGAt < 1:2847177/93‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATa > 1:3867183/1‑93 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa < 1:4230073/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa > 1:1706132/1‑93 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa < 1:1036764/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa > 1:3214895/1‑93 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGGTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa > 2:3726923/1‑93 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGATTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa > 2:5358365/1‑93 (MQ=255) ggcggcGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGGTCTTCGACCGGATAAAc > 1:8638952/1‑93 (MQ=255) cggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGc < 2:3925067/93‑1 (MQ=255) cggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGc < 1:4809375/93‑1 (MQ=255) gAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGa < 2:566674/93‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc > 1:734910/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc > 2:3428499/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc < 1:52662/93‑1 (MQ=255) aTTTGCTGTCGCAGCAGCGGCAGAGTTTCGATAATTAAAACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGAGAAACGCCggtcg < 2:654069/93‑4 (MQ=255) tttGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTc > 2:6999197/1‑93 (MQ=255) tttGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTc < 1:1606939/93‑1 (MQ=255) tGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTcaa > 2:7953031/1‑91 (MQ=255) cTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACt < 2:2455885/93‑1 (MQ=255) tGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAATCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACtt > 1:144063/1‑93 (MQ=255) gACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTc < 1:4407524/93‑1 (MQ=255) aCGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCa > 2:2164782/1‑93 (MQ=255) cGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAg > 1:3803807/1‑93 (MQ=255) agcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCa < 2:8337253/93‑1 (MQ=255) agcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCa > 2:928139/1‑93 (MQ=255) gcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCat < 1:4660084/93‑1 (MQ=255) gcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCat < 1:5822999/93‑1 (MQ=255) cagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCata < 2:1731240/93‑1 (MQ=255) agcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCatat > 2:4933161/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 2:7303000/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 1:7286980/1‑93 (MQ=255) cAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGc < 2:6194825/93‑1 (MQ=255) aGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGcc > 2:5308464/1‑93 (MQ=255) 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gATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGcc > 2:1875047/1‑93 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc > 2:4245581/1‑93 (MQ=255) ttAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAACCGCCGGCCTCCACTTCAGCCATATACTCCCGCACAGCggcgcg > 1:2418613/1‑93 (MQ=255) aaCACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGa > 1:4474780/1‑93 (MQ=255) acacAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGAt < 1:5960416/93‑1 (MQ=255) cacaACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATg < 2:4293698/93‑1 (MQ=255) cacaACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATg < 1:7036061/93‑1 (MQ=255) acaacaTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATgc > 1:8493691/1‑92 (MQ=255) acaacaTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGt < 1:5418915/93‑1 (MQ=255) acaacaTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGt < 1:2646531/93‑1 (MQ=255) caACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTc > 1:4880872/1‑93 (MQ=255) caACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTc > 2:3019325/1‑93 (MQ=255) caACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTc < 1:3347300/93‑1 (MQ=255) aaCATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCg > 2:6823975/1‑93 (MQ=255) | GGTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCG > NC_000913/148709‑148888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |