| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,995,724 | A→G | S38S (AGT→AGC) | yecC ← | putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,995,724 | 0 | A | G | 99.3% | 974.7 / ‑4.5 | 288 | S38S (AGT→AGC) | yecC | putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (142/144); total (142/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
ATCAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCACTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCACCAG > NC_000913/1995634‑1995813 | aTCAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCt < 1:4384342/93‑1 (MQ=255)aTCAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCt > 1:3799875/1‑93 (MQ=255) tCAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTc < 2:7176011/93‑1 (MQ=255) tCAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTc < 2:4314111/93‑1 (MQ=255) cAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCg < 2:4879958/93‑1 (MQ=255) cAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCg < 1:3576529/93‑1 (MQ=255) aaTAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCgg > 1:7473747/1‑93 (MQ=255) aaTAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCgc > 1:1472236/1‑92 (MQ=255) tAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGAc > 1:5664487/1‑93 (MQ=255) aGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGAcc > 1:1948908/1‑93 (MQ=255) gTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCg > 1:7934124/1‑93 (MQ=255) gTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCg > 2:2867967/1‑93 (MQ=255) tGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGa > 2:1244914/1‑93 (MQ=255) atCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAAt < 2:3001137/93‑1 (MQ=255) tCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAAtt < 1:4137433/93‑1 (MQ=255) cGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTg > 2:1102004/1‑93 (MQ=255) ccAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGcc > 1:3091950/1‑93 (MQ=255) ccAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGcc < 2:225316/93‑1 (MQ=255) ccAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGcc < 1:1213040/93‑1 (MQ=255) cAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGcca > 1:6912333/1‑93 (MQ=255) cAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGcca < 1:1705227/93‑1 (MQ=255) cAACGGTGATCGTTCCCGCTACGGGTTATTCCAGCAGATATATGCTGCATAGCAACGTGGTTTTGCCGGACCCGCTCGGACCGATAATTAcca < 1:7799837/93‑1 (MQ=255) aaCGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGccac > 2:5784509/1‑93 (MQ=255) aCGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGccacc < 2:6587671/93‑1 (MQ=255) cGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGccacca > 2:4445180/1‑93 (MQ=255) gTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACt < 2:3978595/93‑1 (MQ=255) tGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACtt > 2:4151663/1‑93 (MQ=255) gATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTc < 1:5163374/93‑1 (MQ=255) aTCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCg > 2:7790748/1‑93 (MQ=255) cGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGcc < 1:614683/93‑1 (MQ=255) ttCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAg > 1:7662843/1‑93 (MQ=255) ttCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAg > 1:3914544/1‑93 (MQ=255) ttCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAg > 1:6772253/1‑93 (MQ=255) tCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAgg < 2:4561737/93‑1 (MQ=255) ccGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCt > 2:1888879/1‑93 (MQ=255) gCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCttt > 2:358957/1‑93 (MQ=255) cTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCtttc > 1:2653441/1‑92 (MQ=255) cTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTa > 2:895570/1‑93 (MQ=255) cTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTa > 1:3312751/1‑93 (MQ=255) ttCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTAc > 2:2599580/1‑93 (MQ=255) gggTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTc > 1:4180079/1‑93 (MQ=255) gttgttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCaa < 2:3414570/93‑1 (MQ=255) gttgttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCaa < 2:3342000/93‑1 (MQ=255) ttgttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAg > 2:3202246/1‑93 (MQ=255) ttgttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAg < 2:2154594/93‑1 (MQ=255) ttgttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCACTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAg < 1:7384599/93‑1 (MQ=255) gttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGt < 1:7297035/93‑1 (MQ=255) ttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTc > 2:8113962/1‑93 (MQ=255) ttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTc > 1:7074725/1‑93 (MQ=255) ttCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTACCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTc > 1:5775462/1‑93 (MQ=255) tCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCg > 2:2504410/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGa > 2:6495085/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGa < 1:4640871/93‑1 (MQ=255) cagcagATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGAt < 1:7561712/93‑1 (MQ=255) agcagATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATa < 1:1114946/93‑1 (MQ=255) agcagATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATa < 2:4589294/93‑1 (MQ=255) agcagATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATa < 1:4278044/93‑1 (MQ=255) gcagATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATAc < 2:8245145/93‑1 (MQ=255) cagATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATAcc < 2:4645625/93‑1 (MQ=255) agATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCg < 1:8431856/93‑1 (MQ=255) agATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCg > 2:1755938/1‑93 (MQ=255) agATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCg > 1:5534973/1‑93 (MQ=255) gATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGt < 1:692682/93‑1 (MQ=255) tttATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTgc < 1:4781967/93‑1 (MQ=255) gttATGCGGCGTAGCAACGGGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGTCTTTGCCTCAAGGTCGATACCGTgc < 2:6299477/92‑1 (MQ=255) tATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTgcag < 1:2487448/93‑1 (MQ=255) tATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTgcag > 1:1004423/1‑93 (MQ=255) aTGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTgcagc < 1:2189158/93‑1 (MQ=255) aTGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTgcagc < 1:8145940/93‑1 (MQ=255) ctgcGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTCCAGCAcc < 2:5323231/93‑1 (MQ=255) 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tGGTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGa < 1:4956260/93‑1 (MQ=255) gTTTTGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAAt > 2:130813/1‑93 (MQ=255) ttttGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAAtt > 1:3868690/1‑93 (MQ=255) ttGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAAtttt > 1:3999984/1‑93 (MQ=255) ttGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAAtttt < 1:5017376/93‑1 (MQ=255) tGCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAAttttt > 2:2839344/1‑93 (MQ=255) gCCGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAAtttttt > 2:7006825/1‑93 (MQ=255) ccGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTc > 2:7945206/1‑93 (MQ=255) ccGGAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTc > 2:5664447/1‑93 (MQ=255) ggAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCAc < 1:1079393/93‑1 (MQ=255) gAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCAcc > 2:7450351/1‑93 (MQ=255) gAACCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCAcc < 2:757273/93‑1 (MQ=255) aaCCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCACCa > 2:1544408/1‑93 (MQ=255) aCCGCTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCACCAg < 1:3693128/93‑1 (MQ=255) | ATCAATAGTGATATCGCCAACGGTGATCGTTCCCGCTTCGGGTTGTTCCAGCAGATTTATGCTGCGTAGCAACGTGGTTTTGCCGGAACCACTCGGACCGATAATTGCCACCACTTCGCCAGGCTTTACCTCAAGGTCGATACCGTGCAGCACCGTCTGACCGTGGAATTTTTTCACCAG > NC_000913/1995634‑1995813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |