| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,219,147 | T→C | H288R (CAC→CGC) | bglX ← | beta‑D‑glucoside glucohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,219,147 | 0 | T | C | 99.7% | 1034.3 / ‑4.8 | 302 | H288R (CAC→CGC) | bglX | beta‑D‑glucoside glucohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (145/156); total (146/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTC > NC_000913/2219057‑2219236 | tcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGAt > 2:6351074/1‑93 (MQ=255) atgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCg > 2:2886417/1‑93 (MQ=255) tgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCgg > 1:8753522/1‑93 (MQ=255) tgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCgg > 1:6698438/1‑93 (MQ=255) gTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGa > 1:3232906/1‑93 (MQ=255) ttGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGCTTGCACCGCGATCGGaa > 1:5532703/1‑93 (MQ=255) ttGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGaa < 1:174214/93‑1 (MQ=255) tGATTCCGGATTTCAGCGCCACGTGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGaaa < 2:4733269/93‑1 (MQ=255) tGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGaaa < 1:7265857/93‑1 (MQ=255) tGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGaaa < 2:6956274/93‑1 (MQ=255) gATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAAc < 2:4573125/93‑1 (MQ=255) gATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAAc > 2:5735406/1‑93 (MQ=255) ttCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACgg < 2:2308230/93‑1 (MQ=255) ttCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACgg > 2:2422725/1‑93 (MQ=255) 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gcgcACCGCATCGTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCa < 1:1459558/93‑1 (MQ=255) gcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACt > 2:4658678/1‑93 (MQ=255) gcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACt > 1:2062505/1‑93 (MQ=255) cACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTg < 1:3542569/93‑1 (MQ=255) aCCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTgg < 1:8053595/93‑1 (MQ=255) aCCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTgg > 1:2216772/1‑93 (MQ=255) ccGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGt > 1:7351384/1‑93 (MQ=255) cGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTc < 2:4018402/93‑1 (MQ=255) 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cGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAAc > 1:3422208/1‑93 (MQ=255) cGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAAc > 2:3799365/1‑93 (MQ=255) ggtgcTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACa < 1:6447199/89‑1 (MQ=255) gggTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACa > 1:5106724/1‑93 (MQ=255) gggTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACa < 2:2330827/93‑1 (MQ=255) ggTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACAt < 2:1329475/93‑1 (MQ=255) ggTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGACTTTAAAGCCCCACTGGTCGCCCAGAACAt > 2:4479326/1‑93 (MQ=255) gTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATc > 1:5659748/1‑93 (MQ=255) 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ccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagca > 1:1539824/1‑93 (MQ=255) ccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagca < 1:6924953/93‑1 (MQ=255) cgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagcag > 1:4466916/1‑93 (MQ=255) tGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGcc > 2:2678755/1‑93 (MQ=255) tGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGcc > 1:2331280/1‑93 (MQ=255) gCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCa > 1:4234824/1‑93 (MQ=255) gCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCa > 1:2138896/1‑93 (MQ=255) gCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCa > 2:3318965/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |