| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,796,560 | T→C | intergenic (‑44/‑625) | stpA ← / → b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,796,560 | 0 | T | C | 99.2% | 880.1 / ‑4.2 | 258 | intergenic (‑44/‑625) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (120/136); total (121/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTG > NC_000913/2796470‑2796649 | gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgccg < 2:5088269/93‑1 (MQ=255)gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgccg > 1:6664957/1‑93 (MQ=255)gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgccg < 2:7418261/93‑1 (MQ=255) aCGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCcgcg < 2:5353934/93‑1 (MQ=255) cGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCcgcgc > 1:5803406/1‑92 (MQ=255) cGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTAAGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGGATTTCGCcgcgc > 2:2879423/1‑92 (MQ=255) 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tATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACt < 2:8538849/93‑1 (MQ=255) tATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACt > 1:2183350/1‑93 (MQ=255) tATTGAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACt < 2:2740509/93‑1 (MQ=255) aTTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtt > 1:2535897/1‑93 (MQ=255) tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCATTGTAAGCGATCACtta > 1:7829537/1‑93 (MQ=255) tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 2:7994867/93‑1 (MQ=255) tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta > 2:5940676/1‑93 (MQ=255) ttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACttat > 2:2617441/1‑93 (MQ=255) 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ataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAtt < 2:3349593/93‑1 (MQ=255) ataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAtt < 1:1467809/93‑1 (MQ=255) aaaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTa < 2:8648283/93‑1 (MQ=255) aGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACa < 1:141697/93‑1 (MQ=255) aaaaCCTTTTAACGCCACACCAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGt < 2:7807838/93‑1 (MQ=255) cTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgc > 2:8070361/1‑93 (MQ=255) cTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgc < 1:7609959/93‑1 (MQ=255) ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 2:1920197/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |