| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,796,565 | T→C | intergenic (‑49/‑620) | stpA ← / → b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,796,565 | 0 | T | C | 99.2% | 918.3 / ‑5.6 | 266 | intergenic (‑49/‑620) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (123/140); minor base A (1/1); total (125/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT > NC_000913/2796475‑2796654 | gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg > 1:1024273/1‑93 (MQ=255)gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg < 2:5708900/93‑1 (MQ=255)gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg < 2:6514377/93‑1 (MQ=255) gggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtg < 1:7363767/93‑1 (MQ=255) gTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTa < 2:2869691/93‑1 (MQ=255) gCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAg < 2:2382988/93‑1 (MQ=255) 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gccgcgCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGaa > 1:7043995/3‑93 (MQ=255) ccgcgCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGaaa < 2:6948922/92‑1 (MQ=255) ccgcgCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGaaa < 2:678213/92‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAAct < 2:7818781/93‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAAct > 2:6144879/1‑93 (MQ=255) gcgcAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAAct < 1:1378164/93‑1 (MQ=255) | GAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT > NC_000913/2796475‑2796654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |