| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,278,453 | T→C | L38L (TTG→CTG) | agaW → | PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,278,453 | 0 | T | C | 99.7% | 1113.1 / ‑6.4 | 324 | L38L (TTG→CTG) | agaW | PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (196/127); minor base A (1/0); total (197/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
GCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCG > NC_000913/3278363‑3278542 | gaTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTgg < 1:4407110/92‑1 (MQ=255) cATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTgg > 1:5283203/1‑93 (MQ=255) aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCCTATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGt > 1:8511922/1‑93 (MQ=255) tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 2:8352772/1‑93 (MQ=255) tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 1:1866089/1‑93 (MQ=255) gCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCGCCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCggg > 1:1363065/1‑93 (MQ=255) gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt > 2:1846597/1‑93 (MQ=255) gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt > 1:4977069/1‑93 (MQ=255) gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt < 1:2891538/93‑1 (MQ=255) ttGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTg > 2:6355284/1‑93 (MQ=255) ttGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTg < 1:1776478/93‑1 (MQ=255) ttGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTg < 1:2053177/93‑1 (MQ=255) tGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTgg > 1:1141812/1‑93 (MQ=255) aTTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACtt < 2:112807/93‑1 (MQ=255) aTTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACtt > 2:4521019/1‑93 (MQ=255) ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg > 1:6803418/1‑93 (MQ=255) ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg < 2:8537366/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg < 1:4470758/93‑1 (MQ=255) tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg < 2:1742311/93‑1 (MQ=255) tATCGCAGTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg < 1:3329580/93‑1 (MQ=255) tCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg > 2:8486015/1‑93 (MQ=255) cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 1:102027/93‑1 (MQ=255) gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGAt > 1:342282/1‑93 (MQ=255) gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGAt > 1:3791207/1‑93 (MQ=255) gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGAt < 1:4761698/93‑1 (MQ=255) gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGATCGGGCTGGTACTTGGCGAt < 2:7613511/93‑1 (MQ=255) ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCCTATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc > 2:8109212/1‑93 (MQ=255) tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCtc > 2:1034414/1‑92 (MQ=255) tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg > 2:2794012/1‑93 (MQ=255) tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg < 1:5516550/93‑1 (MQ=255) tttATCACTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg < 2:676525/93‑1 (MQ=255) ttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑c < 1:7002157/93‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATa > 2:3933300/1‑93 (MQ=255) cGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATAc > 1:2921311/1‑93 (MQ=255) ggCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGa < 1:2663782/93‑1 (MQ=255) gCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGaa < 1:4104146/93‑1 (MQ=255) gCCTGGATATGTTTAACCGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGaa < 1:7327306/93‑1 (MQ=255) tGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAAttt > 2:4822394/1‑93 (MQ=255) tGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACAGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAAttt > 1:2370754/1‑93 (MQ=255) ggATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAAtttt > 1:6054764/1‑93 (MQ=255) gATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTa > 2:5649821/1‑93 (MQ=255) gATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTa > 1:2603590/1‑93 (MQ=255) atatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTaa < 1:653097/93‑1 (MQ=255) tatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAAc > 2:7378113/1‑93 (MQ=255) tatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAAc > 1:4871477/1‑93 (MQ=255) atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAAcc > 2:6990106/1‑93 (MQ=255) 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tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 1:7760746/1‑93 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 1:1163255/1‑93 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt < 2:8518301/93‑1 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 1:6381434/1‑93 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt < 2:1297596/93‑1 (MQ=255) atGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgtg > 2:1643670/1‑93 (MQ=255) cccGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGa < 1:8752269/92‑1 (MQ=255) aCCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGa > 2:5540662/1‑93 (MQ=255) 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cTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCg > 1:3720825/1‑93 (MQ=255) cTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCg < 1:4357714/93‑1 (MQ=255) tCGGCCCTCTGGTGGGTGTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGc < 2:1880954/93‑1 (MQ=255) tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCGc > 2:1788175/1‑93 (MQ=255) tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCGc > 1:7932310/1‑93 (MQ=255) tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGc > 2:4206121/1‑93 (MQ=255) tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGc > 2:2130619/1‑93 (MQ=255) ggCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTg < 1:219783/93‑1 (MQ=255) ggCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTg > 2:8714281/1‑93 (MQ=255) gCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTgg > 1:3196744/1‑93 (MQ=255) gCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTgg > 1:6319354/1‑93 (MQ=255) gCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCCG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCCCTgg > 1:8290662/1‑93 (MQ=255) cccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggg > 2:5802318/1‑92 (MQ=255) ccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGGACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCCCTggcg > 2:4763249/1‑93 (MQ=255) | GCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTG‑CATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCG > NC_000913/3278363‑3278542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |