| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,887,809 | A→G | intergenic (+35/‑56) | b3708 → / → tnaB | tryptophanase/low affinity tryptophan permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,887,809 | 0 | A | G | 99.7% | 1290.0 / NA | 375 | intergenic (+35/‑56) | b3708/tnaB | tryptophanase/low affinity tryptophan permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (187/186); minor base C (1/0); total (189/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
TTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCAT > NC_000913/3887719‑3887898 | tacgtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctc > 2:2874423/1‑93 (MQ=255) acgtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctct > 1:1546432/1‑93 (MQ=255) cgtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctctc < 1:822445/93‑1 (MQ=255) gtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAATGCTTAAAGAAGTTTAATTAATTCTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctctct < 2:4056882/93‑1 (MQ=255) tacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGCTCTCtt < 1:3345407/93‑1 (MQ=255) tacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGCTCTCtt > 2:7637344/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |