Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 440,417 | C→T | A51T (GCC→ACC) | xseB ← | exonuclease VII small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 440,417 | 0 | C | T | 99.0% | 1069.8 / ‑4.1 | 307 | A51T (GCC→ACC) | xseB | exonuclease VII small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (152/152); total (154/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TACTCATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGCCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGAACTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGTTACAA > NC_000913/440326‑440506 | tccTCATTGTCCGGTGTAAAGGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTGGTGCGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGcc < 2:1536288/91‑1 (MQ=255) tcTCATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCTTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCt < 1:3927464/92‑1 (MQ=255) aCTCATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCt < 1:4147637/93‑1 (MQ=255) aCTCATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCt < 1:6923163/93‑1 (MQ=255) cATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGcc < 1:1688341/93‑1 (MQ=255) cATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGcc < 2:1003946/93‑1 (MQ=255) cATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGcc > 1:7314849/1‑93 (MQ=255) cATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGcc > 1:3120307/1‑93 (MQ=255) ttGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGcccc < 1:5043063/93‑1 (MQ=255) ttGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGcccc < 2:3891407/93‑1 (MQ=255) tGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCt < 1:8320072/93‑1 (MQ=255) gTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTg < 1:7407502/93‑1 (MQ=255) tCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTgc > 1:2301981/1‑92 (MQ=255) tCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGa > 1:1072533/1‑93 (MQ=255) tCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGa < 1:2883307/93‑1 (MQ=255) ccGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGAc < 2:5734281/93‑1 (MQ=255) ccGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGAc < 2:2434221/93‑1 (MQ=255) cGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACg < 2:6388703/93‑1 (MQ=255) cGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACg > 1:5161487/1‑93 (MQ=255) ggTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGt > 1:49284/1‑93 (MQ=255) ggTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGt < 1:390739/93‑1 (MQ=255) tgtAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGc > 2:7092589/1‑93 (MQ=255) 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ggTTAGATAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCAc < 1:6016226/93‑1 (MQ=255) ggTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCAc < 2:6889025/93‑1 (MQ=255) ggTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCAc > 1:1120750/1‑93 (MQ=255) tAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCAcgcc < 2:859789/93‑1 (MQ=255) agagagGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCAcgccg > 1:4568033/1‑93 (MQ=255) gagagGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCAcgccgc > 1:6751711/1‑93 (MQ=255) agagGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCcgcg > 2:2265667/1‑93 (MQ=255) gagGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTTCGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGt < 2:7217012/93‑1 (MQ=255) gagGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGt < 1:5844234/93‑1 (MQ=255) gagGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGt > 1:6721691/1‑93 (MQ=255) ggCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTc > 2:4917390/1‑93 (MQ=255) ggCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTc > 1:1938351/1‑93 (MQ=255) ggCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGCCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTc > 1:8473044/1‑93 (MQ=255) ggCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGATCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTc > 1:2738564/1‑93 (MQ=255) gTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGaa < 2:6556651/93‑1 (MQ=255) gTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGaa < 2:7183587/93‑1 (MQ=255) 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tAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGCACTCGTTCAGCACCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGt < 2:7809565/93‑1 (MQ=255) tAATTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGAACTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGt > 1:8166337/1‑93 (MQ=255) aaTTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGAACTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGtt < 2:2069854/93‑1 (MQ=255) aTTTGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGAACTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAAGTCGCCACTTTCCAGACGGGTTa > 2:4735560/1‑93 (MQ=255) tttGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGAACTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGTTAc < 2:4560242/93‑1 (MQ=255) ttGGTCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGACCTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGTTACa < 1:4060260/93‑1 (MQ=255) | TACTCATTGTCCGGTGTAAAAGGGGTTAGAGAGGCGTCTTCATTGTCAGACAGCAGAATTTGTACGCGCTGTTCGGCTTGTTGTAATTTGGCCTGCCCCTGACGTGCCAGCTGCACGCCGCGTTCGAACTCGTTCAGCGCCTCTTCCAGCGGCAGGTCGCCACTTTCCAGACGGGTTACAA > NC_000913/440326‑440506 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |