| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,502,680 | C→T | A352V (GCA→GTA) | b4279 → | putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,502,680 | 0 | C | T | 99.3% | 1033.8 / NA | 302 | A352V (GCA→GTA) | b4279 | putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (153/145); minor base G (2/0); total (156/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGTTGCAT > NC_000913/4502590‑4502769 | gTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTaa > 2:8293449/1‑93 (MQ=255)gTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTaa < 1:7075925/93‑1 (MQ=255) tATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAAc < 1:5269813/93‑1 (MQ=255) tATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAAc > 2:4005247/1‑93 (MQ=255) tATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAAc < 2:778602/93‑1 (MQ=255) tATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAAc > 2:2453248/1‑93 (MQ=255) aTTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACt < 2:6934285/93‑1 (MQ=255) ttGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTg < 2:8694466/93‑1 (MQ=255) cAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTggag > 1:7102590/1‑93 (MQ=255) cAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTggag < 1:3150785/93‑1 (MQ=255) ggttggttCCAAAATTTATATATGATTACGTTCCAACAAAATTAATAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGaa < 1:7249015/93‑1 (MQ=255) gttggttCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAAt > 1:1614136/1‑93 (MQ=255) gttggttCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAAt > 1:4627187/1‑93 (MQ=255) tggttCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATgg < 2:6394482/93‑1 (MQ=255) tggttCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATgg > 1:4084931/1‑93 (MQ=255) tggttCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATgg > 2:5797033/1‑93 (MQ=255) gttCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGcc > 2:3091612/1‑93 (MQ=255) tCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGc > 1:4831995/1‑93 (MQ=255) ccAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCa < 1:6370221/93‑1 (MQ=255) aaaaTTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCAcc < 1:1996183/93‑1 (MQ=255) aaaaTTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCAcc < 1:5178840/93‑1 (MQ=255) aaaTTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCt < 1:7970224/93‑1 (MQ=255) aaaTTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCt < 1:3040095/93‑1 (MQ=255) aaaTTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCt < 2:4361918/93‑1 (MQ=255) tttATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTa > 1:5333079/1‑93 (MQ=255) tttATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTa > 1:5645209/1‑93 (MQ=255) tttATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTa < 2:3501088/93‑1 (MQ=255) ttATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGAAt > 2:7608205/1‑93 (MQ=255) tatataTGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTAtt > 1:3603131/1‑93 (MQ=255) atatatGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTa < 1:4987508/93‑1 (MQ=255) 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gATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtaca > 2:3907085/1‑93 (MQ=255) gATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtaca > 2:1913629/1‑93 (MQ=255) gATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtaca < 2:5105978/93‑1 (MQ=255) gATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtaca < 2:5416321/93‑1 (MQ=255) aTTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATCACTTAGGGGTAACTGGAGGAGTGGCCGCACCTGTAGTAGCtacat > 1:4181648/1‑93 (MQ=255) aTTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacat > 2:8086134/1‑93 (MQ=255) aTTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacat > 2:4473980/1‑93 (MQ=255) ttACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacata < 2:7076612/93‑1 (MQ=255) 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aacaaAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAgg > 2:4243536/1‑93 (MQ=255) aacaaAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAgg < 2:2067377/93‑1 (MQ=255) acaaAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGa < 2:7940432/93‑1 (MQ=255) caaAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGat < 1:2268522/93‑1 (MQ=255) aaaTTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGatat < 1:8559402/93‑1 (MQ=255) ttAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtattat < 2:8520123/93‑1 (MQ=255) atAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtattat < 1:6628683/92‑1 (MQ=255) tAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATg < 1:1011903/93‑1 (MQ=255) 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ggATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTa < 2:3824313/93‑1 (MQ=255) ggATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTa > 1:2518681/1‑93 (MQ=255) ggATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTa > 1:4271992/1‑93 (MQ=255) ttAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgt < 1:7713916/93‑1 (MQ=255) ttAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgt < 1:7376185/93‑1 (MQ=255) tAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtg > 1:3796966/1‑93 (MQ=255) aGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtgt > 2:3303949/1‑93 (MQ=255) aGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtgt < 1:819220/93‑1 (MQ=255) 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atttatAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCAtt < 1:4721621/93‑1 (MQ=255) atttatAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCAtt > 1:4557758/1‑93 (MQ=255) tttatAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTg < 2:2664198/93‑1 (MQ=255) tataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGtt < 2:3191970/93‑1 (MQ=255) tataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGtt > 1:3851951/1‑93 (MQ=255) ataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTa < 1:6010568/93‑1 (MQ=255) ataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTa < 1:5884175/93‑1 (MQ=255) ataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTa < 2:475940/93‑1 (MQ=255) ataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTa < 2:614243/93‑1 (MQ=255) taACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTAc < 1:7851302/93‑1 (MQ=255) ttATGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt > 2:2247507/1‑93 (MQ=255) ttAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt > 2:7293605/1‑93 (MQ=255) ttAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt < 2:1665304/93‑1 (MQ=255) ttAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt < 1:760236/93‑1 (MQ=255) | GTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGTTGCAT > NC_000913/4502590‑4502769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |