Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 638,137 | A→G | intergenic (‑281/‑31) | dsbG ← / → ahpC | thiol:disulfide interchange protein/alkyl hydroperoxide reductase C22 subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 638,137 | 0 | A | G | 98.2% | 1132.4 / 4.6 | 334 | intergenic (‑281/‑31) | dsbG/ahpC | thiol:disulfide interchange protein/alkyl hydroperoxide reductase C22 subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/1); new base G (153/175); total (158/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
CACAAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTACATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCAAAAACGGCGA > NC_000913/638047‑638226 | caAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCAtc > 1:8697804/1‑93 (MQ=255) aaaGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGTATTAGCCGAATCGGTAAAAATTGGTTACCTTGCAtct > 1:5012274/1‑93 (MQ=255) aaaGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCAtct > 1:538977/1‑93 (MQ=255) aaGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCAtctc < 1:8077054/93‑1 (MQ=255) gTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCCATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCAt < 2:833180/93‑1 (MQ=255) ttGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATc < 1:4685814/93‑1 (MQ=255) 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tAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGt > 2:5915146/1‑93 (MQ=255) aGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGtat < 2:5170363/93‑1 (MQ=255) aGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGtat > 1:8158201/1‑93 (MQ=255) aGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGtat > 2:3515227/1‑93 (MQ=255) ggTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGtata > 2:2231501/1‑93 (MQ=255) ggTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGtata < 1:2819580/93‑1 (MQ=255) tAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGa < 2:682079/93‑1 (MQ=255) tAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGa < 2:2992698/93‑1 (MQ=255) tAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGa < 1:5341275/93‑1 (MQ=255) aaaCTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGATGTATAGATg > 2:7856708/1‑93 (MQ=255) aaCTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGt > 2:624863/1‑93 (MQ=255) aCTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTc > 1:3158399/1‑93 (MQ=255) cTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTcc > 1:6717486/1‑93 (MQ=255) ttATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCt > 2:2144948/1‑93 (MQ=255) tATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAAGACGGAGGAAGTATAGATGTCCtt > 2:4756197/1‑93 (MQ=255) tATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCtt > 2:6722596/1‑93 (MQ=255) 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tttGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTaa > 2:419157/1‑93 (MQ=255) ttGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAac < 1:1655806/93‑1 (MQ=255) aTAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACAcc < 2:4024827/93‑1 (MQ=255) tAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCa < 1:2412221/93‑1 (MQ=255) tAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTACATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGAATAGATGTCCTTGATTAACACCa > 1:7076554/1‑93 (MQ=255) aaTGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCaa < 1:6979515/93‑1 (MQ=255) aaTGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCaa < 1:4268071/93‑1 (MQ=255) aTGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCaaa > 1:216171/1‑93 (MQ=255) 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aaaaaTTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCAt < 1:6434708/93‑1 (MQ=255) aaaaaTTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCAt > 2:379036/1‑93 (MQ=255) aaaTTGGTTACCTTGCATGTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTGACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTc < 1:6196346/93‑1 (MQ=255) aaTTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCa < 2:8287544/93‑1 (MQ=255) aTTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCaa < 1:6851917/93‑1 (MQ=255) ttGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCaaa < 1:6538244/93‑1 (MQ=255) ttGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCaaa > 1:7532129/1‑93 (MQ=255) gTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCAAAAAc < 2:7236736/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |