Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 831,133 | T→C | S347P (TCG→CCG) | rhlE → | putative ATP‑dependent RNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 831,133 | 0 | T | C | 99.0% | 1014.0 / ‑2.7 | 303 | S347P (TCG→CCG) | rhlE | putative ATP‑dependent RNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (113/187); total (115/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
GTCGTCAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCGGGCTAT > NC_000913/831043‑831222 | gtcgtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCg > 1:3707105/1‑93 (MQ=255) gtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCGCTg < 1:6352504/93‑1 (MQ=255) gtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCGCTg > 2:3985697/1‑93 (MQ=255) tcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGGGTTGCCGCTgg > 2:7310560/1‑93 (MQ=255) tcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCGCTgg > 2:6622297/1‑93 (MQ=255) aaCTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCGCTGgtg > 1:1016364/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |