Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 4,091,572 | 3461 bp→GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG | [rhaD]–rhaB | [rhaD], rhaA, rhaB |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 4091572 | 4095032 | 3461 | 244 [0] | [0] 262 | [rhaD]–rhaB | [rhaD],rhaA,rhaB |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4091571 | 0 (0.000) | 168 (0.990) +GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG |
86/126 | 0.3 | 100% | coding (283/825 nt) | rhaD | rhamnulose‑phosphate aldolase |
? | NC_000913 | 4095033 = | 0 (0.000) | intergenic (‑4/‑284) | rhaB/rhaS | rhamnulokinase/RhaS |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTA > NC_000913/4091479‑4091663 | gggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgc > 1:2594261‑M1/1‑91 (MQ=255) ggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgca > 2:1962925‑M1/1‑90 (MQ=255) ggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgca > 2:5118101‑M1/1‑90 (MQ=255) ggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgca < 2:5857759‑M1/93‑4 (MQ=255) aaaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatg < 2:88375‑M1/93‑6 (MQ=255) ggAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcgg < 1:4906741‑M1/93‑9 (MQ=255) 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gCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctcta < 1:6111196‑M1/93‑17 (MQ=255) ggAAGCTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagag > 1:3003878‑M1/1‑74 (MQ=255) gAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagt > 2:2934195‑M1/1‑73 (MQ=255) gAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagt < 1:604936‑M1/93‑21 (MQ=255) aaGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtc < 1:4222890‑M1/93‑22 (MQ=255) aGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcg > 1:3420268‑M1/1‑71 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcga > 1:717999‑M1/1‑70 (MQ=255) tCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgaca > 2:3739556‑M1/1‑68 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacat < 2:2127933‑M1/93‑27 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata < 2:951866‑M1/93‑28 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata < 2:1348256‑M1/93‑28 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata > 1:3618789‑M1/1‑66 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata > 2:596769‑M1/1‑66 (MQ=255) gAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatat < 2:2963338‑M1/93‑29 (MQ=255) aGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatgg < 2:5564620‑M1/93‑31 (MQ=255) aGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatgg < 1:1349268‑M1/93‑31 (MQ=255) gTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggt > 2:57850‑M1/1‑62 (MQ=255) gTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggt < 1:2846691‑M1/93‑32 (MQ=255) tGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtg < 2:4407954‑M1/93‑33 (MQ=255) tGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctcaagagtcgacatatggtg < 1:5218777‑M1/93‑33 (MQ=255) ggACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagaggcgacatatggtgatc > 1:6461687‑M1/1‑58 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcc < 1:4284120‑M1/93‑37 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcc > 2:1105848‑M1/1‑57 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcc < 1:2622865‑M1/93‑37 (MQ=255) cGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctg > 2:4655900‑M1/1‑55 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc > 1:225666‑M1/1‑54 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc < 2:6276046‑M1/93‑40 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc > 2:178802‑M1/1‑54 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc < 2:491251‑M1/93‑40 (MQ=255) gCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgct < 2:3224414‑M1/93‑41 (MQ=255) ttCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctga > 1:6339939‑M1/1‑51 (MQ=255) cGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgact > 1:1519630‑M1/1‑49 (MQ=255) cGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaat < 1:3690538‑M1/93‑45 (MQ=255) cGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaat < 1:4563748‑M1/93‑45 (MQ=255) gTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatt < 1:4802057‑M1/93‑46 (MQ=255) gTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatt > 1:3549169‑M1/1‑48 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt > 2:633793‑M1/1‑47 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatta < 2:1262645‑M1/93‑52 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatta > 2:5678598‑M1/1‑42 (MQ=255) aaCCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattac > 2:4593416‑M1/1‑41 (MQ=255) cccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacga > 2:2285378‑M1/1‑39 (MQ=255) cccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacga > 1:3508643‑M1/1‑39 (MQ=255) cccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacc < 1:1595479‑M1/93‑57 (MQ=255) ccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca < 1:5735749‑M1/93‑58 (MQ=255) cAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag < 1:2341424‑M1/93‑59 (MQ=255) aaaGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagc > 1:341261‑M1/1‑34 (MQ=255) aaGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc < 1:112979‑M1/93‑61 (MQ=255) aaGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc < 1:3287583‑M1/93‑61 (MQ=255) aGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtct > 2:4829726‑M1/1‑32 (MQ=255) aGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtct > 1:1034957‑M1/1‑32 (MQ=255) aGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtct > 2:4127411‑M1/1‑32 (MQ=255) aGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtct > 1:1912394‑M1/1‑32 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta > 2:338074‑M1/1‑31 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta < 2:3571568‑M1/93‑63 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta < 2:2751336‑M1/93‑63 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaa > 2:687508‑M1/1‑30 (MQ=255) aTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaa < 2:3610240‑M1/93‑65 (MQ=255) aTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaa > 2:5268683‑M1/1‑29 (MQ=255) gtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaa < 1:1076526‑M1/93‑67 (MQ=255) gTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg < 1:5572547‑M1/93‑70 (MQ=255) gTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg < 2:3841745‑M1/93‑70 (MQ=255) aGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcc > 2:118804‑M1/1‑22 (MQ=255) gCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcct < 1:179493‑M1/93‑73 (MQ=255) gCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcct > 2:1074821‑M1/1‑21 (MQ=255) ccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctga > 2:3331427‑M1/1‑19 (MQ=255) ccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctga < 1:212978‑M1/93‑75 (MQ=255) cgcgCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaa < 2:3981641‑M1/93‑76 (MQ=255) gcgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaat > 1:2066134‑M1/1‑17 (MQ=255) gcgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaat < 1:5491015‑M1/93‑77 (MQ=255) gcgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaat > 1:3210102‑M1/1‑17 (MQ=255) cgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaatt < 1:5536980‑M1/93‑78 (MQ=255) cgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaatt > 1:3636132‑M1/1‑16 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |