Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,032,328 | A→G | T323A (ACC→GCC) | hyaA → | hydrogenase‑1 small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,032,328 | 0 | A | G | 99.5% | 660.8 / NA | 193 | T323A (ACC→GCC) | hyaA | hydrogenase‑1 small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (106/86); total (106/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA > NC_000913/1032238‑1032417 | ggCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGcc < 2:483778/93‑1 (MQ=255) ggCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGcc < 2:6470395/93‑1 (MQ=255) cTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCcgccgc < 1:4210374/93‑1 (MQ=255) tGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCgccgcc < 1:3155504/93‑1 (MQ=255) gCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTccgccgccg < 1:5740826/93‑1 (MQ=255) tGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATa > 2:5546240/1‑93 (MQ=255) 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aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc > 2:4984334/1‑93 (MQ=255) aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc < 1:2938747/93‑1 (MQ=255) aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc > 2:6158712/1‑93 (MQ=255) aTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACcg < 1:635896/93‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACcg > 1:5558512/1‑93 (MQ=255) gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc < 2:290942/93‑1 (MQ=255) gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc > 2:91423/1‑93 (MQ=255) cTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTgg > 2:4333621/1‑93 (MQ=255) 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cgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGc < 2:536868/93‑1 (MQ=255) gttcgttcTACTGCCGCGTTGTTGATATTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg < 2:1680045/93‑1 (MQ=255) gttcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg < 1:171756/93‑1 (MQ=255) gttcgttcTACACCCGCGTGGTCGATATCCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg < 1:1278205/93‑1 (MQ=255) tcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCg > 1:6013707/1‑93 (MQ=255) cgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCgg < 2:2605576/93‑1 (MQ=255) gttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGc > 2:1011236/1‑93 (MQ=255) ttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCt > 2:422533/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |