Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 111,615 | T→C | intergenic (+182/+34) | mutT → / ← yacG | 7,8‑dihydro‑8‑oxoguanine‑triphosphatase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 111,615 | 0 | T | C | 99.6% | 900.7 / ‑5.0 | 259 | intergenic (+182/+34) | mutT/yacG | 7,8‑dihydro‑8‑oxoguanine‑triphosphatase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (132/126); total (132/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CTCATTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGTCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATCGCTTTCGGAAAGATCGCCACTGCTGG > NC_000913/111525‑111704 | cTCATTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCt < 1:942682/93‑1 (MQ=255) cTCATTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCt < 2:4000779/93‑1 (MQ=255) tCATTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCtt > 1:5076763/1‑93 (MQ=255) aTTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTAt < 2:3905280/93‑1 (MQ=255) aTTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTAt > 2:1941751/1‑93 (MQ=255) aTTGATAAATTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTAt < 2:6020129/93‑1 (MQ=255) 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aaaTTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGcc < 1:3103562/93‑1 (MQ=255) aaaTTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGcc > 1:1691179/1‑93 (MQ=255) aaaTTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGcc < 1:3351648/93‑1 (MQ=255) aTTTGTTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTa < 2:3607674/93‑1 (MQ=255) ttttGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCg < 1:4789009/93‑1 (MQ=255) ttttGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACACTGTCCGAGCCTTATCAGGCGTACGTGCg > 1:3005904/1‑93 (MQ=21) tttGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGGCTACGTGCgg < 1:5446912/93‑1 (MQ=255) tttGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCgg < 1:4265504/93‑1 (MQ=255) 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aaGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGt > 1:3304710/1‑93 (MQ=255) aGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTc < 2:2316277/93‑1 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCa > 2:3432298/1‑93 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGACTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCa > 2:2950629/1‑93 (MQ=255) gCGTTCACGCCGCATCGGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCAc < 1:420276/93‑1 (MQ=255) gCGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCAc > 1:5562987/1‑93 (MQ=255) cGTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACt < 2:5258420/93‑1 (MQ=255) gTTCACGCCGCATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTg > 2:4960555/1‑93 (MQ=255) 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ccgcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCTCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGt < 1:3188580/93‑1 (MQ=255) ccgcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGt < 1:4832931/93‑1 (MQ=255) ccgcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGt < 2:2201471/93‑1 (MQ=255) cgcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGtt > 2:4726164/1‑93 (MQ=255) gcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttc > 1:1199506/1‑93 (MQ=255) gcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttc > 2:5445566/1‑93 (MQ=255) gcATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttc < 2:6456480/93‑1 (MQ=255) cATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttct < 2:4614107/93‑1 (MQ=255) cATCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttct < 2:2481881/93‑1 (MQ=255) aTCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttctt < 1:5859783/93‑1 (MQ=255) aTCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttctt < 1:5414893/93‑1 (MQ=255) aTCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttctt > 2:1538240/1‑93 (MQ=255) aTCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttctt < 1:277843/93‑1 (MQ=255) tCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttcttc > 2:3278723/1‑93 (MQ=255) tCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttcttc > 2:4803301/1‑93 (MQ=255) tCCGACATTTGCACAAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGttcttc < 1:859463/93‑1 (MQ=255) 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acaAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATc > 1:229525/1‑93 (MQ=255) acaAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATc < 2:789422/93‑1 (MQ=255) acaAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGGCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATc > 2:1284394/1‑93 (MQ=255) caAGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATCg > 1:2210291/1‑93 (MQ=255) aaGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATCGc < 2:3505368/93‑1 (MQ=255) aGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATCGCt > 2:335719/1‑93 (MQ=255) aGATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATCGCt > 1:5739650/1‑93 (MQ=255) gATGCCTGATGCGACGCTGTCCGCGCCTTATCAGGCCTACGTGCGGCATCAGACAAATGTCACTGCTTTGGTTCTTCGCTCCAGTCATCGCtt < 2:5331161/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |