| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,545,666 | A→G | D81G (GAC→GGC) D81G (GAC→GGC) |
b4525 → fdnG → |
hypothetical protein formate dehydrogenase‑N, nitrate‑inducible, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,545,666 | 0 | A | G | 99.5% | 677.2 / ‑4.6 | 203 | D81G (GAC→GGC) D81G (GAC→GGC) | b4525 fdnG | hypothetical protein formate dehydrogenase‑N, nitrate‑inducible, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (106/96); total (106/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACC > NC_000913/1545576‑1545755 | caTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGcc < 1:195589/93‑1 (MQ=255)caTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGcc > 2:5744721/1‑93 (MQ=255)caTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGcc > 2:4264371/1‑93 (MQ=255) aTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGccc > 1:2071862/1‑93 (MQ=255) tACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCg < 1:5264720/93‑1 (MQ=255) aCTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCgg < 2:5171359/93‑1 (MQ=255) cTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGa < 2:2868112/93‑1 (MQ=255) cTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGa > 1:4180653/1‑93 (MQ=255) tGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGat < 1:3626756/93‑1 (MQ=255) gTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatc > 1:3223012/1‑93 (MQ=255) gTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatc > 2:3085216/1‑93 (MQ=255) ttCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatca > 2:4441579/1‑93 (MQ=255) ccGTAGGTTTCGCGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatcctc < 1:3938405/93‑1 (MQ=255) ccGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatcatc > 1:6326166/1‑93 (MQ=255) cGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATcc > 1:6051822/1‑93 (MQ=255) cGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATcc < 2:3034069/93‑1 (MQ=255) gTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCg > 2:5276541/1‑93 (MQ=255) aGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGt < 1:3538113/93‑1 (MQ=255) tGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGc < 1:1787517/93‑1 (MQ=255) ggCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtg > 1:977934/1‑93 (MQ=255) gCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtgg < 1:6126636/93‑1 (MQ=255) gCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtgg < 1:146121/93‑1 (MQ=255) cTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggt < 1:1046204/93‑1 (MQ=255) tATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggtg < 1:5375759/93‑1 (MQ=255) aTTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggtgg > 2:6202931/1‑92 (MQ=255) aTTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTgc > 1:2282773/1‑93 (MQ=255) ttGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTgcg > 2:741642/1‑93 (MQ=255) tGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTgcgc < 1:2686774/93‑1 (MQ=255) gATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCt < 2:2277912/93‑1 (MQ=255) gTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCtgtg > 1:3268322/1‑93 (MQ=255) tataGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGc < 1:2610806/93‑1 (MQ=255) tataGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGc < 2:366661/93‑1 (MQ=255) tataGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGc > 1:6333187/1‑93 (MQ=255) tataGCCGGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGc < 1:2534408/93‑1 (MQ=255) ataGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGcc < 2:2937546/93‑1 (MQ=255) taGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGccc > 2:31060/1‑93 (MQ=255) gCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGa > 1:4224196/1‑93 (MQ=255) ccTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaa < 2:5706886/93‑1 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa < 2:4981029/93‑1 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa > 2:2806407/1‑93 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa > 2:4168064/1‑93 (MQ=255) tGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAg > 1:2483579/1‑93 (MQ=255) ggTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAggg < 1:4728451/93‑1 (MQ=255) ggTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAggg < 1:3081595/93‑1 (MQ=255) ggTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAggg < 2:6377414/93‑1 (MQ=255) gTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAgggg < 1:2867802/93‑1 (MQ=255) 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aaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTgg < 1:1673241/93‑1 (MQ=255) aaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGATTGCTgg > 2:828745/1‑93 (MQ=255) aaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGa < 2:3316969/93‑1 (MQ=255) aaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGAt > 2:2508413/1‑93 (MQ=255) aCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGAtt > 2:5815374/1‑93 (MQ=255) aCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGAtt > 2:3856219/1‑93 (MQ=255) gCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCCAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTAc < 2:201302/93‑1 (MQ=255) ccAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACg > 2:1158725/1‑93 (MQ=255) 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cacaTTGAAGGTGGCCCGGTTCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGt < 2:1205562/93‑1 (MQ=255) cacaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGt > 1:5399299/1‑93 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc < 1:3365787/93‑1 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc < 2:1814298/93‑1 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc < 1:5649851/93‑1 (MQ=255) caTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCACGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCt < 1:5183871/93‑1 (MQ=255) ttGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTgc < 2:1937540/93‑1 (MQ=255) gatggTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCTCGAAAGGGGCCGGGTTGCTGGAGTACGACTACAGTGAAAACCGTCTgcgc > 2:6477766/4‑93 (MQ=255) gAAGGTGGCCCTGAGCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTgcgc < 1:1395504/93‑1 (MQ=255) gAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTgcgc > 1:5856425/1‑93 (MQ=255) gAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTgcgc < 2:2352705/93‑1 (MQ=255) aaGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCt > 2:3609601/1‑93 (MQ=255) ggTGGCCCGGATCCTCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGTATTACGTCAACAGTGAAAGCCGTCTGCGCTAc < 1:77540/93‑1 (MQ=255) ggTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTAc < 1:453983/93‑1 (MQ=255) | CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACC > NC_000913/1545576‑1545755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |