| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 148,799 | G→A | intergenic (‑4/+8) | panC ← / ← panB | pantothenate synthetase/3‑methyl‑2‑oxobutanoate hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 148,799 | 0 | G | A | 99.6% | 922.9 / ‑5.1 | 238 | intergenic (‑4/+8) | panC/panB | pantothenate synthetase/3‑methyl‑2‑oxobutanoate hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (113/124); total (114/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GGTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCG > NC_000913/148709‑148888 | gTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGa > 2:1555315/1‑93 (MQ=255) aGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACt > 2:4961256/1‑93 (MQ=255) aGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACt > 1:3982524/1‑93 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTc < 1:6305417/93‑1 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGGTTCGATAATTAACACAACATGACTc > 1:2694303/1‑93 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc < 2:2790301/93‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc < 1:5037562/93‑1 (MQ=255) cACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCt < 1:1033860/93‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTa > 2:47362/1‑93 (MQ=255) cAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTaa > 2:916533/1‑93 (MQ=255) cAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTaa < 1:2087549/93‑1 (MQ=255) cAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTaa < 1:1451062/93‑1 (MQ=255) aGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAAt > 2:1938720/1‑93 (MQ=255) aGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAAt < 2:2460774/93‑1 (MQ=255) gcgcCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATg < 1:3767024/93‑1 (MQ=255) cgcCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATgg < 2:6205128/93‑1 (MQ=255) gcCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGa < 2:5490890/93‑1 (MQ=255) ccACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGaa < 1:4628935/93‑1 (MQ=255) cgcgCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACt > 1:3670991/1‑93 (MQ=255) gcgcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtg < 2:2838509/93‑1 (MQ=255) cgcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgt < 1:3150937/93‑1 (MQ=255) gcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgtg > 2:2676852/1‑93 (MQ=255) gcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgtg < 2:5672437/93‑1 (MQ=255) cTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTgtgt < 2:3205726/93‑1 (MQ=255) cTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTgtgt < 2:4496167/93‑1 (MQ=255) tGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttc < 2:5175694/93‑1 (MQ=255) ccTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttctt > 2:4794239/1‑93 (MQ=255) ccTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttctt < 1:1202647/93‑1 (MQ=255) cTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttcttc < 1:4391391/93‑1 (MQ=255) ttCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCg > 1:2218242/1‑93 (MQ=255) ttCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCg > 1:1974287/1‑93 (MQ=255) cATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGccc < 2:2057420/93‑1 (MQ=255) cATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGccc < 1:1484007/93‑1 (MQ=255) aTACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCg > 2:762935/1‑93 (MQ=255) aCGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGa > 2:3917918/1‑93 (MQ=255) cGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGAt < 1:1679015/93‑1 (MQ=255) cGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGAt < 1:3884278/93‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATa < 1:1884716/93‑1 (MQ=255) gCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATa < 1:23647/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa > 2:308881/1‑93 (MQ=255) gcggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACg < 1:3307253/93‑1 (MQ=255) cggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGc < 2:3229634/93‑1 (MQ=255) ggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGGCCGGATAAACGcc > 2:835258/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc < 1:4206343/93‑1 (MQ=255) aTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGGCCGGATAAAAGACGGACt > 1:5706573/1‑93 (MQ=255) aTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACt < 1:5864516/93‑1 (MQ=255) ttGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTcc < 2:4264817/93‑1 (MQ=255) ttGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTcc < 1:4597701/93‑1 (MQ=255) gCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCAc < 1:2153038/93‑1 (MQ=255) cTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACt < 1:2463030/93‑1 (MQ=255) gACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTc > 1:5294071/1‑93 (MQ=255) gACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTc > 1:6045625/1‑93 (MQ=255) gACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTc < 2:5406364/93‑1 (MQ=255) gACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTc > 2:5067070/1‑93 (MQ=255) cGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAg > 2:6422828/1‑93 (MQ=255) gcagcaGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGc > 2:3271721/1‑93 (MQ=255) cagcagCGGCAGTGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGcc < 2:5029988/93‑1 (MQ=255) cagcagCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGcc > 1:3529041/1‑93 (MQ=255) agcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCa > 1:1371679/1‑93 (MQ=255) agcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCa < 2:1190870/93‑1 (MQ=255) agcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCatat < 2:3059167/93‑1 (MQ=255) gcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCAtata < 2:2124114/93‑1 (MQ=255) cGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATAc < 1:2963590/93‑1 (MQ=255) ggCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACt > 2:5614766/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 2:2385758/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 1:1693443/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 1:2425836/1‑93 (MQ=255) cAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGc > 2:139917/1‑93 (MQ=255) cAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGc < 1:4738072/93‑1 (MQ=255) cAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGc < 2:5971393/93‑1 (MQ=255) 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ttCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGcaca < 1:2779952/93‑1 (MQ=255) tgATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGc < 2:3748454/92‑1 (MQ=255) cGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGc > 1:4849970/1‑93 (MQ=255) cGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGc < 2:1437346/93‑1 (MQ=255) gATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATCCTGCCGCACAGcc < 2:4137532/93‑1 (MQ=255) gATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGcc > 1:5327181/1‑93 (MQ=255) gATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGcc > 2:1511913/1‑93 (MQ=255) gATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGcc < 2:5341079/93‑1 (MQ=255) aaTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcg > 1:781547/1‑93 (MQ=255) aaTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcg > 2:112573/1‑93 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc < 2:4173526/93‑1 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc < 2:4827790/93‑1 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc > 2:3612267/1‑93 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc > 2:2320312/1‑93 (MQ=255) aaCACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGa < 1:5432711/93‑1 (MQ=255) aaCACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGa < 2:5978551/93‑1 (MQ=255) aaCACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGa > 2:6112035/1‑93 (MQ=255) cacaACATGAGTCGTTAATGGAAAATGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATg > 1:444471/1‑93 (MQ=255) cacaACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATg > 2:5708701/1‑93 (MQ=255) cacaACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATg < 2:1733897/93‑1 (MQ=255) caACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTc < 2:4908385/93‑1 (MQ=255) aaCATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCg > 1:931321/1‑93 (MQ=255) | GGTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCG > NC_000913/148709‑148888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |