Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,852,569 | T→C | T104A (ACC→GCC) | b1770 ← | putative DEOR‑type transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,852,569 | 0 | T | C | 99.5% | 723.3 / NA | 207 | T104A (ACC→GCC) | b1770 | putative DEOR‑type transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (96/109); total (97/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
ACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATG > NC_000913/1852479‑1852658 | actgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcac > 1:2346385/1‑93 (MQ=255) actgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcac < 2:4669888/93‑1 (MQ=255) ctgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTGCGGcact < 1:4760035/93‑1 (MQ=255) ctgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcact < 2:1363128/93‑1 (MQ=255) ctgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcact > 2:4861049/1‑93 (MQ=255) tgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcacta > 1:196895/1‑93 (MQ=255) aGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCactact > 1:1296319/1‑93 (MQ=255) gCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTg > 2:5381295/1‑93 (MQ=255) gCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTg < 2:2220913/93‑1 (MQ=255) gCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTg > 1:5935547/1‑93 (MQ=255) ccAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTgg < 2:4498797/93‑1 (MQ=255) aGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGaa < 2:3306473/93‑1 (MQ=255) aGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGaa < 1:5272953/93‑1 (MQ=255) gAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTAGTGGGAt > 2:4904022/1‑93 (MQ=255) gAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAAt < 2:6454766/93‑1 (MQ=255) aaCATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAAtg > 2:271888/1‑92 (MQ=255) aCATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGTCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCg < 2:811174/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 1:2266370/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc > 1:3378445/1‑93 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 1:5427617/93‑1 (MQ=255) tGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCt > 2:2378646/1‑93 (MQ=255) tGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCt < 1:4887904/93‑1 (MQ=255) gAATCTCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTg < 2:493459/93‑1 (MQ=255) aaTCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGc > 1:5051788/1‑93 (MQ=255) tCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCa < 1:560047/93‑1 (MQ=255) tCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCa < 2:5791552/93‑1 (MQ=255) gCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtg < 2:1845055/93‑1 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt < 2:3747805/93‑1 (MQ=255) tgccgccgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTGCGTTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt < 1:2533123/91‑1 (MQ=255) cgccgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATggtggt < 2:5983379/93‑1 (MQ=255) cgccgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATggtggt < 1:1516373/93‑1 (MQ=255) gccgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggtgggt > 2:5286585/1‑91 (MQ=255) gccgAGTTGGTGAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGtt < 2:2887816/93‑1 (MQ=255) cgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGgttt > 1:3747916/1‑93 (MQ=255) gAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGGGGttttt > 2:5848578/1‑92 (MQ=255) aGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAt < 2:5957989/93‑1 (MQ=255) aGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAt > 1:2621434/1‑93 (MQ=255) gTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAtt > 1:4500395/1‑93 (MQ=255) ggTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTc < 1:877782/93‑1 (MQ=255) ggTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTc > 2:2791347/1‑93 (MQ=255) gTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCg < 1:1680876/93‑1 (MQ=255) gTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCg > 1:2511290/1‑93 (MQ=255) ttAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGa < 1:3059370/93‑1 (MQ=255) ttAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGa > 2:6369839/1‑93 (MQ=255) aGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATa < 2:581244/93‑1 (MQ=255) cAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATaaa < 2:5554141/93‑1 (MQ=255) aCGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAgg > 2:4447041/1‑93 (MQ=255) aCGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAgg < 2:4828734/93‑1 (MQ=255) aCGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAgg > 1:6450788/1‑93 (MQ=255) gTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGt < 2:6255485/93‑1 (MQ=255) gTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGt > 1:3903300/1‑93 (MQ=255) tCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTa < 2:3363679/93‑1 (MQ=255) aGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGt > 1:1589478/1‑93 (MQ=255) ggCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTg > 1:1410226/1‑93 (MQ=255) ggCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTg < 1:4715268/93‑1 (MQ=255) ggCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTg > 2:1741273/1‑93 (MQ=255) ccgcTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGcc > 2:414971/4‑93 (MQ=255) ccACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTggc > 2:4112353/1‑91 (MQ=255) ccACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGcc < 2:3359414/93‑1 (MQ=255) ccACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGcc < 2:353757/93‑1 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt < 1:945686/93‑1 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt < 1:2840190/93‑1 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt < 1:4542908/93‑1 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt > 1:3458885/1‑93 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACGGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt < 1:3816269/93‑1 (MQ=255) aCTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCtt > 2:5753663/1‑93 (MQ=255) aCTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCtt < 1:296434/93‑1 (MQ=255) aCTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCtt < 2:1288288/93‑1 (MQ=255) tACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGc > 2:5318145/1‑93 (MQ=255) ccGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCg < 2:4565658/92‑1 (MQ=255) gTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGc > 1:4668789/1‑93 (MQ=255) gTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGc < 1:4029704/93‑1 (MQ=255) tCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCa > 2:4383762/1‑93 (MQ=255) tGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATa > 1:4208633/1‑93 (MQ=255) gTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATaa > 1:5400941/1‑93 (MQ=255) gTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATaa < 1:3256255/93‑1 (MQ=255) aaCAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgc > 2:3632585/1‑93 (MQ=255) aaCAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgc < 2:1619012/93‑1 (MQ=255) 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gAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTtctc < 1:1151142/93‑1 (MQ=255) gAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTtctc > 1:2835090/1‑93 (MQ=255) aGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTctct < 1:501691/93‑1 (MQ=255) aGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTctct > 1:2635046/1‑93 (MQ=255) gCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCtt > 1:6020213/1‑93 (MQ=255) gCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCtt < 2:2006604/93‑1 (MQ=255) aaTTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCa > 1:5817794/1‑93 (MQ=255) aaTTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCa > 2:3899285/1‑93 (MQ=255) aTTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCAt > 1:4909707/1‑93 (MQ=255) aTTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCAt > 2:6128346/1‑93 (MQ=255) ccATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATaaa > 2:4993519/1‑93 (MQ=255) ttACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACg > 1:5651638/1‑93 (MQ=255) cGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATg < 1:3691025/93‑1 (MQ=255) cGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATg < 2:2279635/93‑1 (MQ=255) | ACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATG > NC_000913/1852479‑1852658 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |