| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,278,453 | T→C | L38L (TTG→CTG) | agaW → | PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,278,453 | 0 | T | C | 99.6% | 883.8 / ‑5.1 | 257 | L38L (TTG→CTG) | agaW | PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (159/97); total (159/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCG > NC_000913/3278363‑3278542 | gCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTg > 1:4763259/1‑93 (MQ=255)gCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTg < 1:6154085/93‑1 (MQ=255) cATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTgg > 1:5384396/1‑93 (MQ=255) aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGt < 2:2768755/93‑1 (MQ=255) tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 2:4459804/1‑93 (MQ=255) ttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCg > 1:3875935/1‑93 (MQ=255) ttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCg < 2:1375058/93‑1 (MQ=255) tGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCgg < 1:2744091/93‑1 (MQ=255) gCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCggg > 1:6449441/1‑93 (MQ=255) cGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGc < 1:2652799/93‑1 (MQ=255) cGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGc < 1:1435255/93‑1 (MQ=255) cGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGc > 1:3421574/1‑93 (MQ=255) gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt > 2:3186360/1‑93 (MQ=255) gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGACTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt > 1:1034340/1‑93 (MQ=255) gggCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGt > 2:2463869/1‑93 (MQ=255) gggCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGt > 1:5764970/1‑93 (MQ=255) cATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACt > 2:2541693/1‑93 (MQ=255) cATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACt < 1:5199945/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg > 2:6164891/1‑93 (MQ=255) tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg < 2:10758/93‑1 (MQ=255) tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg > 2:5111244/1‑93 (MQ=255) aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGc > 2:948644/1‑93 (MQ=255) tCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTTGTCGGGCTGGTACTTGGCg > 1:6038694/1‑93 (MQ=255) cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 2:1695599/93‑1 (MQ=255) cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 1:4385917/93‑1 (MQ=255) cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 2:5909044/93‑1 (MQ=255) gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGAt > 2:4766324/1‑93 (MQ=255) gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCCGGCTGGTACTTGGCGAt > 1:3939734/1‑93 (MQ=255) ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc < 2:2387408/93‑1 (MQ=255) ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc < 2:6424822/93‑1 (MQ=255) ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc > 1:1684653/1‑93 (MQ=255) cTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCAACGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCCGGCGGGTTCATGGCGATCt > 1:594552/1‑93 (MQ=255) tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg > 1:6064811/1‑93 (MQ=255) tATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCa > 2:4328306/1‑93 (MQ=255) gCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATAcc < 1:2156600/93‑1 (MQ=255) gCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGaa > 2:1923511/1‑93 (MQ=255) gCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGaa < 2:2623114/93‑1 (MQ=255) ccTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAt > 1:526091/1‑93 (MQ=255) ggATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAtttt > 2:6248724/1‑93 (MQ=255) atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc > 1:1368369/1‑93 (MQ=255) atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc < 2:1195828/93‑1 (MQ=255) gTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcgg > 2:3807698/1‑93 (MQ=255) tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc > 2:6355979/1‑93 (MQ=255) ttAACGGCCTACCCCATATGCACCGCCCGGTGGTTCTCGGCCCGCTGGTGGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcg < 1:4007068/93‑1 (MQ=255) ttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcg < 2:4276556/93‑1 (MQ=255) tAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcgg > 1:4520017/1‑93 (MQ=255) aaCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcgga > 1:2045205/1‑92 (MQ=255) aaCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGt > 2:5888487/1‑93 (MQ=255) aCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTa < 2:4836085/93‑1 (MQ=255) aCGGCCTAACCCATATCCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTa > 2:2010142/1‑93 (MQ=255) gCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGc > 1:5551270/1‑93 (MQ=255) cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:1037393/1‑93 (MQ=255) cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:1163417/1‑93 (MQ=255) cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:697417/1‑93 (MQ=255) aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 1:1130418/1‑93 (MQ=255) aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 1:2339121/1‑93 (MQ=255) aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 2:2592594/1‑93 (MQ=255) cccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAc < 1:5640649/93‑1 (MQ=255) ccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACt > 2:1297393/1‑93 (MQ=255) ccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACt < 1:869421/93‑1 (MQ=255) ccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACt > 1:3296297/1‑93 (MQ=255) cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg < 1:6226139/93‑1 (MQ=255) cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 1:2858872/1‑93 (MQ=255) cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 1:3698184/1‑93 (MQ=255) cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 2:4541983/1‑93 (MQ=255) cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 1:658639/1‑93 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 2:2223565/1‑93 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 2:5513781/1‑93 (MQ=255) tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 1:788161/1‑93 (MQ=255) atGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgtg < 1:5004612/93‑1 (MQ=255) gCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGCACTGGtgtg > 2:5247611/1‑93 (MQ=255) cACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTgg > 1:3598342/1‑93 (MQ=255) aCCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGCCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGa > 1:3018026/1‑93 (MQ=255) ccGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAt > 2:3552079/1‑93 (MQ=255) gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGGATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 1:4346111/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg > 2:75122/1‑93 (MQ=255) gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 2:729534/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 2:3229012/93‑1 (MQ=255) 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ggtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt > 1:317994/1‑93 (MQ=255) gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGGTg > 1:1315318/1‑93 (MQ=255) gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg < 2:642915/93‑1 (MQ=255) gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg > 2:3642504/1‑93 (MQ=255) gtggtCCTCGGCCAGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg < 2:4135260/93‑1 (MQ=255) tCCTGGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGgcc < 2:5237099/93‑1 (MQ=255) ccTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGcccc < 1:5443264/93‑1 (MQ=255) cGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCt > 2:4888436/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |