| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,836,443 | G→A | G190D (GGC→GAC) | yicL → | putative permease transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,836,443 | 0 | G | A | 99.6% | 994.1 / ‑5.2 | 259 | G190D (GGC→GAC) | yicL | putative permease transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (121/137); total (121/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT > NC_000913/3836353‑3836535 | tCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACt < 2:5687697/93‑1 (MQ=255) cTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTg < 1:2636842/93‑1 (MQ=255) gCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTa < 1:5174352/93‑1 (MQ=255) gCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTa < 1:5885304/93‑1 (MQ=255) gCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTa > 1:3684449/1‑93 (MQ=255) cATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTAt < 1:4141317/93‑1 (MQ=255) aTTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATg > 1:1213154/1‑93 (MQ=255) ttGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGc > 2:2443781/1‑93 (MQ=255) tGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCt < 2:3771042/93‑1 (MQ=255) gCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTg > 2:1904350/1‑93 (MQ=255) gCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTg > 1:1851683/1‑93 (MQ=255) gCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTg > 2:174308/1‑93 (MQ=255) ccTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGa < 1:2766023/93‑1 (MQ=255) tCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGAtt < 2:515492/93‑1 (MQ=255) cGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTg < 1:745334/93‑1 (MQ=255) cGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTg < 1:5378453/93‑1 (MQ=255) cGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTg < 1:162706/93‑1 (MQ=255) gCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGc < 1:2410285/93‑1 (MQ=255) gCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGc > 1:2888037/1‑93 (MQ=255) gCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGc > 1:5342237/1‑93 (MQ=255) cATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCg < 1:4605153/93‑1 (MQ=255) aTTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCgg > 1:1436607/1‑93 (MQ=255) tttGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGt > 2:1022542/1‑93 (MQ=255) tttGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGt < 1:2277743/93‑1 (MQ=255) gctgctgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTg < 2:135051/93‑1 (MQ=255) ctgctgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGa < 1:3849990/93‑1 (MQ=255) tgctgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGAt > 2:4769056/1‑93 (MQ=255) ctgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTc < 2:2775098/93‑1 (MQ=255) tgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCt > 2:5364873/1‑93 (MQ=255) tgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCt > 1:5778398/1‑93 (MQ=255) tgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCt > 2:1677557/1‑93 (MQ=255) tgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCt < 2:6232065/93‑1 (MQ=255) gcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTg < 1:936971/93‑1 (MQ=255) aTTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGtt < 1:4260968/93‑1 (MQ=255) ttCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTg > 2:155780/1‑93 (MQ=255) cTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGcc < 1:4936720/93‑1 (MQ=255) tataCCACCTATCCTTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGCGTATGCTGATTGGTGGTCTGATTCTGTTGCCt > 2:1045963/1‑93 (MQ=255) tataCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCt > 2:1712618/1‑93 (MQ=255) tataCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCt < 2:303938/93‑1 (MQ=255) ataCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCtt > 2:5511728/1‑93 (MQ=255) taCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCttt < 1:2059908/93‑1 (MQ=255) taCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCttt < 1:6314787/93‑1 (MQ=255) taCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCttt < 1:3169032/93‑1 (MQ=255) ccaccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCttttt < 2:3520669/93‑1 (MQ=255) caccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTa < 2:347036/93‑1 (MQ=255) caccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTa > 1:3488807/1‑93 (MQ=255) cccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTAt < 2:4055682/92‑1 (MQ=255) cTATCCATCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTTGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGc < 2:2843641/93‑1 (MQ=255) tATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGcc > 1:5441399/1‑93 (MQ=255) aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCa > 1:5251259/1‑93 (MQ=255) aTCCCTCAACGCTAATTGCCAGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCa > 2:3167176/1‑93 (MQ=255) cccTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGa < 1:4972432/93‑1 (MQ=255) ccTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGAc > 1:2919122/1‑93 (MQ=255) cTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACa > 2:2661749/1‑93 (MQ=255) cAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAg < 1:2629630/93‑1 (MQ=255) aaCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAgg < 2:4141662/93‑1 (MQ=255) aCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGa > 2:3339817/1‑93 (MQ=255) cGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGaa > 1:3756986/1‑93 (MQ=255) gCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAAc < 2:4950253/93‑1 (MQ=255) gCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAAc < 2:977453/93‑1 (MQ=255) tAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACaa < 1:2973767/93‑1 (MQ=255) aaTTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACaaa < 1:1682418/93‑1 (MQ=255) aTTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAAc > 1:6422374/1‑93 (MQ=255) aTTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAAc > 1:5517549/1‑93 (MQ=255) gCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACttt < 1:680921/93‑1 (MQ=255) ccGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGt < 1:1781220/93‑1 (MQ=255) ccGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGt < 1:4370896/93‑1 (MQ=255) gCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCg < 1:1063361/93‑1 (MQ=255) cTATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGTTTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCCTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGt > 2:2143333/1‑93 (MQ=255) tATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGtt < 2:3996443/93‑1 (MQ=255) tATGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGtt > 1:4170071/1‑93 (MQ=255) aTGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTa < 2:4979063/93‑1 (MQ=255) aTGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTa < 1:6250792/93‑1 (MQ=255) tGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTaa > 2:5959500/1‑93 (MQ=255) tGGCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTaa < 1:3310270/93‑1 (MQ=255) gCACGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACg < 1:2605398/93‑1 (MQ=255) aCGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGc < 1:4688772/93‑1 (MQ=255) aCGTTACCAGTCGTCGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGc > 1:218698/1‑93 (MQ=255) 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gtcgtcGACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGAtt > 1:3533566/1‑93 (MQ=255) tcgtcgACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTc > 2:4605147/1‑93 (MQ=255) cgtcgACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCt < 2:4831023/93‑1 (MQ=255) cgtcgACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCt < 2:3374118/93‑1 (MQ=255) gtcgACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTg < 2:5786213/93‑1 (MQ=255) tcgACTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAGCTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTgg < 1:3135620/93‑1 (MQ=255) | TCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGT > NC_000913/3836353‑3836535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |