| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,964,491 | A→G | T154A (ACT→GCT) | rho → | transcription termination factor Rho |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,964,491 | 0 | A | G | 99.6% | 828.9 / NA | 235 | T154A (ACT→GCT) | rho | transcription termination factor Rho |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (137/97); total (138/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGT > NC_000913/3964401‑3964580 | ccTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCACGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTCGTAACGGTTCTGCt > 1:3383605/1‑93 (MQ=255) cTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTctgctg > 2:4329062/1‑93 (MQ=255) gAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGaa < 1:4347051/93‑1 (MQ=255) aaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAt > 2:2958183/1‑93 (MQ=255) aaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAt < 1:1570033/93‑1 (MQ=255) aaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAt < 2:3960547/93‑1 (MQ=255) aCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAtt < 1:986038/93‑1 (MQ=255) cGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAttt < 1:2018600/93‑1 (MQ=255) cccGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTaa > 1:4592829/1‑93 (MQ=255) cGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACt < 1:3086292/93‑1 (MQ=255) gCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTg > 2:4716887/1‑93 (MQ=255) gCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTg > 2:4768642/1‑93 (MQ=255) gCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTg > 1:6110511/1‑93 (MQ=255) gCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTg > 1:5433365/1‑93 (MQ=255) caacaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGc > 2:5742963/1‑93 (MQ=255) aacaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCt > 1:803550/1‑93 (MQ=255) aacaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCt > 1:3254663/1‑93 (MQ=255) aacaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCt > 2:928745/1‑93 (MQ=255) acaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTc > 1:5925018/1‑93 (MQ=255) aaaaTCCTCTTTGAGAACTTATCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTcgc < 2:5912290/93‑1 (MQ=255) aaaaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTcgc > 2:2349502/1‑93 (MQ=255) aaaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTcgcg > 2:3045896/1‑93 (MQ=255) aaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGt < 2:5104484/93‑1 (MQ=255) aaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGt < 1:1226576/93‑1 (MQ=255) ccTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACt < 2:1140472/93‑1 (MQ=255) tctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTgg > 2:2193175/1‑93 (MQ=255) ctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGa > 2:95445/1‑93 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt > 2:1482656/1‑93 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt < 2:5607195/93‑1 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt < 1:1442317/93‑1 (MQ=255) tatGAGAACTTATCCCCGCTGCACGCAACCTCTCGTCTGCGAATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt < 1:163442/91‑1 (MQ=255) tGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCt < 1:2575646/93‑1 (MQ=255) tGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCt < 2:668918/93‑1 (MQ=255) gagaACTTACCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTg < 1:4430682/93‑1 (MQ=255) gagaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTg < 1:2765970/93‑1 (MQ=255) gagaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTg > 2:2813726/1‑93 (MQ=255) agaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTgg > 1:4884089/1‑93 (MQ=255) gaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGc > 2:5278835/1‑93 (MQ=255) gaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGc < 2:3205371/93‑1 (MQ=255) gaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGc > 2:788148/1‑93 (MQ=255) aCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCAt > 1:537380/1‑93 (MQ=255) cTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATc > 1:451617/1‑93 (MQ=255) aaCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCAcc < 2:4682244/93‑1 (MQ=255) aCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCt > 1:368188/1‑93 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa < 2:5446523/93‑1 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa < 2:2510305/93‑1 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa > 2:389281/1‑93 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAATTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa > 1:4957302/1‑93 (MQ=255) ccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATc > 2:1579901/1‑93 (MQ=255) ccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTAGGATCACCTATc > 1:677398/1‑93 (MQ=255) gCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCgg > 1:2671329/1‑93 (MQ=255) cTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGt < 2:2710832/93‑1 (MQ=255) tGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTc > 1:391556/1‑93 (MQ=255) tGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTc > 2:4029360/1‑93 (MQ=255) gCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCg > 2:4410374/1‑93 (MQ=255) aCGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTg > 1:1025558/1‑93 (MQ=255) aCGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTg > 2:3062969/1‑93 (MQ=255) cGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTgg > 1:4385481/1‑93 (MQ=255) gCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGt > 2:2394832/1‑93 (MQ=255) cAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTc > 2:150456/1‑93 (MQ=255) aaaCTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCa > 1:3620937/1‑93 (MQ=255) aaaCTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCa > 1:5114179/1‑93 (MQ=255) aCTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGc > 2:1111922/1‑93 (MQ=255) aCTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGc > 2:806470/1‑93 (MQ=255) ctctCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCg > 2:6322417/1‑93 (MQ=255) ctcGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTg > 2:4152043/1‑93 (MQ=255) ctcGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTg > 2:178274/1‑93 (MQ=255) ctcGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTg < 1:1773709/93‑1 (MQ=255) tcGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTgg < 1:4768642/93‑1 (MQ=255) cGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGt < 2:6019351/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |