| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AP012306 | 1,486,241 | G→A | intergenic (‑2088/‑492) | thrS ← / → yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 1,486,241 | 0 | G | A | 99.7% | 1247.6 / ‑5.1 | 318 | intergenic (‑2088/‑492) | thrS/yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (144/173); total (145/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ATAATCACATCATTCATGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCAAAAAAACATTCTTTTAGTCAACATCAGTTATTTACACTATTGGCCGCTAAAAATCATGACAACATGTCAGCTGTTCATATAGCCATTCATCATAAGCATTATAAAACTGTAGAAACATATTATGCTGCTA > AP012306/1485957‑1486517 | tCACATCATTCATGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTaaa > 2:1097478/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |