Predicted mutation | ||||||
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RA | AP012306 | 2,422,772 | C→T | S472N (AGC→AAC) | relA ← | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AP012306 | 2,422,772 | 0 | C | T | 99.6% | 887.4 / NA | 229 | S472N (AGC→AAC) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
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Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TAAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGCTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGCTGGTAGGTGAACGGCACAATGCGCCCGCCAATTTTTGCCCCGATGCAGCGGTGTCCGACATCACTGTGGATGTGGTAAGCGAAGTCCAGCGGCGTTGATCCCGCAGGCAAATCAACGACATCACCTTTCGGCGTAAAGACGTACACCCGGTCGTCAAAGACCTGACTACGTACTTCGTCGAGCATTTCGCCGGAATCAGCCATCTCTTCCTGCCACGCAATCAGTTTACGC > AP012306/2422494‑2423056 | taAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCgg < 2:728260/289‑1 (MQ=255) taAATTGCGATTGCAGGAAGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCAACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCgg < 1:1856304/289‑1 (MQ=255) gaaaGATCACCATCTGATTGCGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGa < 2:1756350/286‑1 (MQ=255) acgTTCACCATCTGATTTGGACGGATATCCCCGCCACCAGTCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGa < 2:1614194/284‑1 (MQ=255) aaGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGa < 1:1525252/286‑1 (MQ=255) aGTTCACCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAAt < 2:964789/289‑1 (MQ=255) aCCATCTGATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCaa > 1:1086402/1‑289 (MQ=255) gATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTc > 2:1740320/1‑289 (MQ=255) gATTGAGACGGATATCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTc > 2:16195/1‑289 (MQ=255) ttGAGACGGATATCCCCGCCACCACTCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCg < 1:1601535/288‑1 (MQ=255) 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atatCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCa > 1:910679/1‑289 (MQ=255) tatCCCCGCCACCAATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAg < 1:1793016/289‑1 (MQ=255) atCCCCGCCACCGATCGCCGCCAGCAACTCGTCGACATCATTGAAGTTGTAACGCGGCAGCAGATGTTTTTCTGCTTCTTTCAGGCTGATCCCCAGATGTTCCAGCTCGTCGTCAAGGATTTGCCGCCCAGCCAGAATGTTTTTGTCACGGTCCTGTTTACGGAACCAGGCGTGAATTTTCGAACGCCCACGGCTGGTTGTGACGTAACCGAGGTTTGGGTTTAACCAGTCACGGTTGGGGTTCGGCTGTTTCTGGGTGATAATTTCAATCTGGTCGCCCATCTGCAGc < 1:1257347/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |