| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AP012306 | 3,355,993 | Δ1 bp | coding (224/459 nt) | asnC ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 3,355,993 | 0 | A | . | 99.4% | 1512.3 / 2.0 | 332 | coding (224/459 nt) | asnC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (163/166); minor base T (1/1); total (165/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
TTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAATCGTCCCCGGACTGACGCCAAATTGTTTCGCCAGTTCGGCGTAAGCGGTGCGCGCATTGCCCATTAATGCTTCCAGGATGCCACGGTCCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAA > AP012306/3355716‑3356278 | gggATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAAT‑TAATGCCGATAAag < 1:1195712/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |