Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AP012306 | 1,486,241 | G→A | intergenic (‑2088/‑492) | thrS ← / → yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 1,486,241 | 0 | G | A | 99.7% | 1520.5 / NA | 388 | intergenic (‑2088/‑492) | thrS/yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (173/213); minor base C (1/0); total (175/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
ATAATCACATCATTCATGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCAAAAAAACATTCTTTTAGTCAACATCAGTTATTTACACTATTGGCCGCTAAAAATCATGACAACATGTCAGCTGTTCATATAGCCATTCATCATAAGCATTATAAAACTGTAGAAACATATTATGCTGCTATTAA > AP012306/1485957‑1486521 | acaaTCACATAATTCATGAAGATAATCTGGTTAAATTACAGCAAACGAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCtt < 2:2519207/287‑1 (MQ=255) cacaTCATTCATGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAAt < 1:1868272/289‑1 (MQ=255) catcatTCATGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGACTGCATTAACCACTCGAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATAATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCAAACGGTTCCACTCTAAAATTACTGGCATCTCCTTTAAATAc > 1:1147363/1‑289 (MQ=255) ttcatGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGtt > 1:1013832/1‑289 (MQ=255) catGAAGATAATCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGa > 2:902975/1‑289 (MQ=255) aaTCTGGTTAAATTACTGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTa > 1:527000/1‑289 (MQ=255) tGCAAACTAAAAGTGCTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCt > 1:2596081/1‑272 (MQ=255) 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ataatCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGAcg < 2:1415145/289‑1 (MQ=255) cGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTAATAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCgtg < 1:714221/289‑1 (MQ=255) atatCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACGGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGtt < 2:137298/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |