| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BA000036 | 2,083,859 | T→A | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 ← | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 2,083,859 | 0 | T | A | 99.5% | 825.9 / NA | 201 | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (100/100); minor base C (1/0); total (101/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGTCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGCATGTCCAGGGTGGTGACACCAAGGATCTGGGTCTCGCCACGCTCGAAGAGGGAGGAACCGTGCGCACGTGGGATGAGCTCAACTTCTACTGCCAGGTCACGGATGTCGGTGACTCCGCGGCCGTCGATGCGGAAGTGATCGGTGAG > BA000036/2083613‑2084104 | gagttCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACATGCAACAGCTGCCGTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAACCCATGAAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGATTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGAcc < 2:877910/246‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |