Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | BA000036 | 2,083,859 | T→A | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 ← | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BA000036 | 2,083,859 | 0 | T | A | 99.5% | 745.2 / NA | 182 | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (87/94); minor base G (1/0); total (88/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGTCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGCATGTCCAGGGTGGTGACACCAAGGATCTGGGTCTCGCCACGCTCGAAGAGGGAGGAACCGTGCGCACGTGGGATGAGCTCAACTTCTACTGCCAGGTCACGGATGTCGGTGACTCCGCGGCCGTCGATGCGGAAGTGATCGGTGAG > BA000036/2083613‑2084104 | gATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGAcc > 1:740653/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |