| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BA000036 | 1,326,108 | A→G | D444G (GAT→GGT) | Cgl1259 → | Asp‑tRNAAsn/Glu‑tRNAGln amidotransferase B subunit (PET112 homolog) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,326,108 | 0 | A | G | 99.5% | 874.4 / NA | 219 | D444G (GAT→GGT) | Cgl1259 | Asp‑tRNAAsn/Glu‑tRNAGln amidotransferase B subunit (PET112 homolog) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (116/102); total (117/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TTGGTGGGTTTCTTACATCTCTCAGAAGGCTAACGAGTCTGGTGTCGAGCTCGATGCTCTCGGTGTTGCGCCAGCTCACGTTGCTCGCGTCGTTGCGCTTGTTTCTGAAGGCAAGCTGACCAATAAGCTGGCACGTCAGGCTATCGACGGCGTTATTGCTGGCGAAGGCGATGTGGACGCGGTTGTTGCTGCTCGTGGACTGGAAGTTGTTCGCGATGACGGCGCAATTGAAAAGGCTGTCGATGATGCCTTGGCTGCAAACCCAGACATCGTGGAGAAGTACCGCGCTGGCAACACCAAGGTCACCGGCGCCATCGTTGGTGCTGTCATGAAGGCGACCCGCGGTAAGGCTGACCCAGCTCAGGTGAACCAGCTGATCGCAAAGAAGTTGGCTTAAGCTTTTTGCCGTTGAGCTGCTAAAAGTCTCGCATTAAAGGACTGCTTCCCTTCGGGGGAGCATTTCTTTTTAACTAATTACTTGACACGTCAAG > BA000036/1325863‑1326353 | ttGGTGGGTTTCTTACATCTCTCAGAAGGCTAACGAGTCTGGTGTCGAGCTCGATGCTCTCGGTGTTGCGCCAGCTCACGTTGCTCGCGTCGTTGCGCTTGTTTCTGAAGGCAAGCTGACCAATAAGCTGGCACGTCAGGCTATCGACGGCGTTATTGCTGGCGAAGGCGATGTGGACGCGGTTGTTGCTGCTCGTGGACTGGAAGTTGTTCGCGATGACGGCGCAATTGAAAAGGCTGTCGATGGTGc > 1:565568/1‑249 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |