| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,175,388 | 0 | T | G | 27.9% | 364.1 / 28.2 | 140 | N295T (AAC→ACC) | Cgl1129 | Pyruvate and 2‑oxoglutarate dehydrogenases, E1 component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/80); new base G (39/0); total (60/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCCAGAAGGAATCATCGGTGAGCAGGCGAGACATGGTGCGCAGGAATTCACCGGACACAGCACCCTGGATCACGCGGTGATCGTAGGTGGAGGTGATGGTGACAAGTTTGCCAACGCCGAGCTCTGCAAGGCGGTCTTCTGAAGCGCCCTGGAACTCTGCTGGGTAATCCATGGAACCGACACCGATGATGGTGCCCTGGCCCTTGGTTAGACGTGGAACAGAGTGGCGGGTACCGATGCCACCTGGGTTGGTCAA‑GGAAACGGTAACGCCCTGGTAGTCATCCATGGTGAGCTTGCCCTTGCGGGAGCGTGCCACGATGTCTTCGTAGGCTGCGAGGAACTCGGAGAAGTTCATCTTCTCGGTTTCCTTGATGGCTGCTACGACAAGTGCGCGGGAGCCGTCCTTCTGAGGAAGGTCGATAGCAAGGCCCAGGTTGATGTGCTCAGGCACGATCAGGGTTGGCTTGCCGTCGATGACGTCGTAGGAGTTGTTCATG > BA000036/1175140‑1175636 | aGGAATCATCGGTGAGCAGGCGAGACATGGTGCGCAGGAATTCACCGGACACAGCACCCTGGATCACGCGGTGATCGTAGGTGGAGGTGATGGTGACAAGTTTGCCAACGCCGAGCTCTGCAAGGCGGTCTTCTGAAGCGCCCTGGAACTCTGCTGGGTAATCCATGGAACCGACACCGATGATGGTGCCCTGGCCCTTGGTTAGACGTGGAACAGAGTGGCGGGTACCGATGCCACCTGGGTTGGTCa < 2:482764/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |