| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,717,337 | (C)7→6 | intergenic (+361/‑251) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide permease DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,717,331 | 0 | C | . | 99.4% | 2356.3 / 6.0 | 495 | intergenic (+355/‑257) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide permease DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); major base . (251/239); minor base A (3/0); total (254/241) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
GAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGAAA > NZ_CP025268/1717192‑1717466 | gAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAc < 1:1718821/140‑1 (MQ=255)gAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAc < 2:1513105/140‑1 (MQ=255) aaTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGCAACTGGCCGATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcc < 2:4147205/140‑1 (MQ=255) tCATGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcccc < 2:695039/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |