Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,728,808 | (C)10→8 | pseudogene (1254‑1255/1457 nt) | xylB ← | xylulokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,728,800 | 0 | C | . | 91.8% | 486.5 / 34.3 | 123 | pseudogene (1263/1457 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/2); new base . (50/62); total (59/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NZ_CP025268 | 3,728,801 | 0 | C | . | 90.2% | 390.3 / 61.9 | 123 | pseudogene (1262/1457 nt) | xylB | xylulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); major base . (43/58); minor base G (8/3); total (59/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GGCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATCCCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCCA > NZ_CP025268/3728661‑3728933 || ggCTGATTAGCGGCATATCGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCGAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATGTCTCTGGCTTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATc < 2:970277/140‑1 (MQ=255) ggCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACCTc > 2:1493462/1‑140 (MQ=255) cTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc < 2:5848985/140‑1 (MQ=255) cTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccc < 2:5848997/140‑1 (MQ=255) aTAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATcccccc < 2:937549/140‑1 (MQ=255) aTAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATcccccc < 1:1669432/140‑1 (MQ=255) aGCGGCATAACGCTGCTCATCTTGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAAAAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccg < 2:7302726/140‑2 (MQ=255) aGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccg < 2:4656056/140‑2 (MQ=255) gCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGACAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgg > 2:7014034/1‑138 (MQ=255) cGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACCTcgcccccggtg > 2:178529/1‑136 (MQ=255) ggCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgtac < 1:6960333/140‑5 (MQ=255) ggCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgtac < 1:6960390/140‑5 (MQ=255) ggCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATccccccccgtac < 2:6193188/140‑5 (MQ=255) cGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCCGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATc < 2:2736750/140‑1 (MQ=255) cGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATc > 1:1553054/1‑140 (MQ=255) tGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAg < 1:2623756/140‑1 (MQ=255) gcgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgc > 2:7548804/1‑140 (MQ=255) cgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CGCCGCCCCCGTACGGGAGTCGGgct > 1:3083817/1‑140 (MQ=255) cgcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGACCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CGCCCCCCGGACGGTTATCGAgcg > 1:3313642/1‑139 (MQ=255) gcATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctg < 2:4930762/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTAGATGCGACTGTTCTACCGGTAGTGGCGGCCACAATTCAATGAGCGATTACTCTGGATTCGCCGCGAACTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctgct < 2:5465202/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACTGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctgct < 1:4556183/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctgct < 1:2401163/140‑1 (MQ=255) aTCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAgctgct < 2:6565216/140‑1 (MQ=255) cTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGa < 2:224691/140‑1 (MQ=255) tGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CTCCCCCCCCGGACGGGAGTCGAGCTGCGGACCGcgggt > 1:5435506/1‑136 (MQ=255) aCTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACCT‑CCCCCCCCGGT‑CGGTACTCGAGCTGCGGTCCGCTggtctgc > 2:6862195/1‑134 (MQ=255) tGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGc < 1:125152/140‑1 (MQ=255) ttCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCCC‑‑CTGCCCCCCCGTGCGGTATTCGCGGTGCTGTCCGGGGAGGTCCGccg > 2:8505025/1‑139 (MQ=255) ttCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCa < 2:3218496/140‑1 (MQ=255) tCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAg < 1:3038541/140‑1 (MQ=255) tCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAg < 2:3560198/140‑1 (MQ=255) cTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGGACGGTCAGCGAGCTGCGGACCGCTGCTATCCGCCAGc > 2:9063386/1‑140 (MQ=255) cGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCt < 1:3689184/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACACTTCAATGAGCGATTTCTCGGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCCGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTCACCGAGCTGCGGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa < 1:169297/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa < 1:5625171/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGa < 1:6124919/140‑1 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCGCAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGGTGCTGTCCGCTGGTATCCGGCAGCGTCTGTCg > 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aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCAC‑‑CGCCCCCCCCGTCCGGGAATCGAGCTGCGGACCGCGGTGTGCCGCCAGCATCTGACg > 1:3444893/1‑140 (MQ=255) aGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATGTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACg < 1:8601610/140‑1 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGc < 2:7301577/140‑1 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGc < 1:9428891/140‑1 (MQ=255) gTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGc < 2:8751326/140‑1 (MQ=255) ttGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGcc < 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ttGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCACCGTAACACTTTGCGGTTTAATACCg < 1:7603005/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCg < 1:3701803/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCg < 1:2985844/140‑1 (MQ=255) gctgcGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTc > 1:1166861/1‑89 (MQ=255) gctgcGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCa < 2:4902331/140‑1 (MQ=255) gctgcGCCCAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATAACGCa > 2:3296760/1‑140 (MQ=255) 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2:7776593/1‑140 (MQ=255) cAGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCa < 1:4955251/140‑1 (MQ=255) cAGTGCTGGCCCCACA‑‑GCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCa < 1:4955443/140‑1 (MQ=255) aGTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTTCGGTGTTCGGGCTGGTGGCCGCTGTGAGCCGCCAGCATCTGTCGCCCGTGCTCACTACGCGGCCCGCCCCCCATCAACGTGCCACTTTGCGGGTTAGTGCCGCAGGCATGctc > 2:4142482/1‑138 (MQ=255) gTGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACg < 1:1849320/140‑1 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTCCTCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCTACGTAACACTTTGCGGTTTAATAACGCAGGCATGCACgc > 2:9146707/1‑139 (MQ=255) tGCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTACTCGAGCTGCTGTCCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTCCGCGCCCCGCCCCCAAGCAACGTAACACGTTGCGGTTTAATACCGCTGGCATGCACGa > 2:6162062/1‑140 (MQ=255) gCTGGCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGAc < 2:3371290/140‑1 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGCGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTGAATACCGCAGGCATGCACGGCATcc > 1:2226818/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCCGCATCTGCCGCCAGTACTCACTTCGCGCCCCGCCCCCAATCCACGATACACTTAGCGGTTTAATACCGCAGGCCTGCACGACATcc > 2:8853898/1‑140 (MQ=255) gCCCCACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAAGCAACGTAACACTTTGCGGGTGGAGACCGCAGGCATGCACGACATcc > 1:2075171/1‑140 (MQ=255) ccccACAT‑‑CCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCCa > 1:4647404/1‑140 (MQ=255) || GGCTGATAAGCGGCATAACGCTGCGCATCTGGTAGATGCGACTGTTCTAACGGTAGTTGCGGCAACAATTCAATGAGCGATTTCTCTGGATTCGCCGCGATCTGCGCCAGCCTTGCTGCGCCCAGTGCTGGCCCCACATCCCCCCCCCCGTACGGTAATCGAGCTGCTGACCGCTGATATCCGCCAGCATCTGACGCCAGTACTCACTACGCGCCCCGCCCCCAATCAACGTAACACTTTGCGGTTTAATACCGCAGGCATGCACGACATCCA > NZ_CP025268/3728661‑3728933 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |