| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,146,507 | +T | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK → | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,146,507 | 1 | . | T | 98.8% | 1840.5 / 9.5 | 486 | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base T (221/257); total (224/262) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639 | aCGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑g < 1:4329788/140‑1 (MQ=255) cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gt < 1:4664191/140‑2 (MQ=255) cTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtga > 1:3060016/1‑137 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtgac > 1:8129945/1‑136 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtgac > 2:2239079/1‑136 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtgacg > 1:3982639/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtgacg < 2:6241125/140‑6 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtgacg > 1:2438125/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAg‑gtgacg < 1:1754332/140‑6 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGtt > 2:4376690/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCCACACAACGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt < 2:1679166/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACACAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt > 2:3148146/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt > 1:4908980/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt < 2:6925908/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt < 2:83252/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt > 1:2832121/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt > 1:254579/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt < 2:6597184/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGAATTTGACGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGAt < 2:8258473/140‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACACAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATc < 2:4125273/140‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCg < 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cTGGCATATGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGTTGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCGGCGGTTCTGCCAATCACGATCTAGAAGG‑GTGACGGTGCGATCGGGGc > 2:5821722/1‑140 (MQ=255) ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCa < 1:8991868/140‑1 (MQ=255) aTTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACgg < 2:3051691/140‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 2:8475735/1‑140 (MQ=255) cTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGcc < 1:2162205/140‑1 (MQ=255) tCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTcc > 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ccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTAc > 2:5421907/1‑140 (MQ=255) ccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTAc > 2:3237833/1‑140 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:8286426/1‑140 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGAGTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:9131317/1‑140 (MQ=255) acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgg > 2:4733482/1‑140 (MQ=255) cacaAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGc > 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gATTTGATGCTAACGGCGATGCCTGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTATGCAAAAAACGAAAAACAAAGTT‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGAAAGATTAc > 2:8009589/1‑140 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTAc > 1:1356988/1‑140 (MQ=255) gATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAATACACGAAAAACAATG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTATCTGAGGCGTCCGCGGTACTGGCGACAGTGTACaaatt > 2:7497915/1‑138 (MQ=255) cTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCg < 1:1947210/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 2:4544187/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 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tGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCAccc > 2:1268732/1‑140 (MQ=255) tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACCGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGcc > 2:9108514/1‑140 (MQ=255) gaTCGGTCCGCCCGCGGGTCTGCAAAACACGACACACACAG‑GAGACGTTGCGAGCGGTGCCACGCTAACTGAGGCCTCCGCGGTACTGGCGACTGATTACACAATCTCGATCGATACTCATCCGTGGCAGGTCACCCGcc < 2:2597246/139‑1 (MQ=255) tCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAACACAAGAAAAACCAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTAGTGGCGACAGATTACTAAATCTCGTTCGCTAATAGTCAGTGGCAGGGCACCCGCCtt > 2:7904428/1‑140 (MQ=255) cGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTg < 1:7636463/140‑1 (MQ=255) tAAGCCCGCGGTTCTGCACAACACGAAAAACCAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCa < 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1:1848090/140‑1 (MQ=255) cacGAAATACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCACTACCACTTTTACGGTGa > 2:3490244/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACAAAG‑GTGCCGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGAGACTCATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTGTTACGGTGa > 2:8689332/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:3395648/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:1015679/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:4141564/1‑140 (MQ=255) 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2:6789504/140‑1 (MQ=255) gAAAAACAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGc < 2:5069484/140‑1 (MQ=255) aCAAAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAt > 2:23516/1‑140 (MQ=255) | ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAG‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |