Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 320,615 | (G)6→7 | intergenic (+482/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 320,609 | 1 | . | G | 96.6% | 1694.1 / 46.5 | 500 | intergenic (+476/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/7); new base G (197/286); total (207/293) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 530 total aligned reads displayed.
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑T‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 | aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑t > 1:429410/1‑140 (MQ=255) aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑t > 2:4374202/1‑140 (MQ=255) cGATGCCTACAGTAATCTAATTTGTTATTGCATTTGACGTTTTGTTGTAAGATTATCATTTGTCAGACAATTGATGGGTGGTATGTTGCTAGCATATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGTTTGATCCCCC‑GG‑T‑gg < 1:2339202/140‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑T‑ggggg > 2:2748743/1‑140 (MQ=255) aaagaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTCTTGATGATTGATCCCCC‑GG‑T‑GGGGGGgaaa > 2:3122024/1‑139 (MQ=255) aaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATc < 2:8791070/140‑1 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCg > 1:8909568/1‑140 (MQ=255) tAAAATTAGTTAGGGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCggg < 1:1959477/140‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCa < 1:1463761/140‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTAACATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCa < 1:4488448/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATaaa < 1:7387224/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATaaa < 1:5139108/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATaaa < 1:2864109/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTAGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATaaa < 1:3256340/140‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAAt < 1:2549821/140‑1 (MQ=255) 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2:374415/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa < 2:1199158/140‑1 (MQ=255) ttGCAATTGACGATTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa < 1:7783756/140‑1 (MQ=255) ttGCAAATGACGTTTGGATGAAAGAGTATCATGTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa < 1:6385618/140‑1 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCAt > 2:5246116/1‑140 (MQ=255) gCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATg < 1:5990616/140‑1 (MQ=255) ccATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCCTTGGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCCTATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATg < 1:7257754/139‑1 (MQ=255) aTTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGaa < 2:2162998/140‑1 (MQ=255) aTTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGaa < 2:6397588/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:5518934/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:2059786/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:9478053/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAt < 1:5174973/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAt < 1:7537472/140‑1 (MQ=255) cGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATg > 2:4519778/1‑140 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg < 2:3418765/140‑1 (MQ=255) tGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGt > 1:6519141/1‑140 (MQ=255) 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tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:552104/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:7789544/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:6906144/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:9093303/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:5035690/140‑1 (MQ=255) tggggTGGTTTGTTGCTAGCAAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GGTT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATTGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTATTTGTCACCt < 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1:3539045/1‑140 (MQ=255) gatgatTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctg > 1:4448143/1‑140 (MQ=255) atgatTGATCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctgc > 2:5077570/1‑140 (MQ=255) tgattgatCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTgctgct > 1:7187554/1‑140 (MQ=255) tgattgatCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTgctgct < 2:1286309/140‑1 (MQ=255) attgatCCCCC‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTAc < 2:6090202/140‑1 (MQ=255) 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1:1179912/1‑140 (MQ=255) cc‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAc > 2:1921381/1‑140 (MQ=255) cc‑GG‑TGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAc > 1:1322788/1‑140 (MQ=255) | AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑GG‑T‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |