Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,309,690 | (C)5→6 | intergenic (‑81/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 98.2% | 1892.0 / 21.9 | 550 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/1); new base C (249/291); total (258/292) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 637 total aligned reads displayed.
TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCC‑CACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 | ttACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑c > 1:4711744/1‑140 (MQ=255) ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑ccc‑c > 1:2308501/4‑140 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAATAG‑c‑ccc‑ccg > 1:3185739/2‑138 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑ccc‑ccg > 1:5792147/2‑138 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑ccc‑ccg > 2:8026276/2‑138 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑ccc‑ccgc > 2:5520816/1‑137 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCATCGCAAAAAAGGCTTCATTACCCACTCCCGAAGACCACGGTGGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTATGACGGCGTCCTGCCCGGTGAAAAG‑c‑ccc‑ccgccg > 2:6864532/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCTAAATAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTCACAAGGCGTCCTGCCCGGTTATAAG‑c‑ccc‑ccgccg > 2:6120519/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTCAAAG‑c‑ccc‑ccgccg > 2:7137300/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAATAG‑c‑ccc‑ccgccg > 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cTGTCGCAACGACACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATGTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCC‑CGCCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 1:6235642/140‑1 (MQ=255) cTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGACCGTCCTGTTCCCGGGTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCC‑CGCCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 2:5970412/140‑1 (MQ=255) cTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCC‑CGCCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 1:59153/140‑1 (MQ=255) tGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAACAAGGCTTCATTTCCCACACCCGACGACCACGGTTGTATGAACGTCAGGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGGCGTGCCCGGTGAAAAG‑CGCCC‑CGCCGCAGCGGAGGGccacgggc > 2:9019183/1‑133 (MQ=255) gTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCC‑CGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCa > 1:8517710/1‑140 (MQ=255) cGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCCCTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCGAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCC‑CGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |