Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,426,468 | +C | pseudogene (249/275 nt) | yjfY ← | DUF1471 family protein YjfY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,426,468 | 1 | . | C | 99.8% | 1816.3 / NA | 525 | pseudogene (249/275 nt) | yjfY | DUF1471 family protein YjfY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); major base C (247/276); minor base A (0/1); total (248/277) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 535 total aligned reads displayed.
TCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGTG‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426332‑4426601 | tccttcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGTgcat < 2:3903992/140‑4 (MQ=255) tccgtcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGTgcat < 1:4043592/140‑4 (MQ=255) cttcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCGGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGTgcatat > 2:5533087/1‑135 (MQ=255) cttcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAATAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAATGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGTgcatat > 2:4464882/1‑135 (MQ=255) 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1:3680940/1‑140 (MQ=255) tCCGCGCTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCAGCTGGTTCTTCGTTTAATGCCTGACGTGGTTCGCTGTCAGTGGCGTAATTATGTTTGAtata > 1:6065213/1‑140 (MQ=255) tCCGCGCTGGCGTGCATATTGCCGGTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTGTCTTCATTTACTGCCTGCCGTGCTTCGCTGTCAGTGGCGTAATTATGATTGAtata > 2:7211839/1‑140 (MQ=255) ccGCGCTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATaa > 1:429326/1‑140 (MQ=255) cgcgCTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATaaa > 1:1456704/1‑140 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTNCCCGGTTGCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTCNGATTGATATAAAt < 1:5533087/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:3382572/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:4244707/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:7735691/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:6288700/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:7667640/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:8691801/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:5040172/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATc > 2:7534279/1‑140 (MQ=255) cgcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGGTTCTTCATTTAATGCCTGTCGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATc > 1:2043829/1‑140 (MQ=255) gcTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCa > 1:8568851/1‑140 (MQ=255) cTGGCGTGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTCGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTGTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCAc > 1:4678232/1‑140 (MQ=255) | TCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCGTG‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426332‑4426601 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |