| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 539,565 | T→C | intergenic (+7/‑50) | allB → / → ybbY | allantoinase AllB/uracil/xanthine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 539,565 | 0 | T | C | 99.8% | 1430.1 / NA | 412 | intergenic (+7/‑50) | allB/ybbY | allantoinase AllB/uracil/xanthine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (240/171); minor base A (1/0); total (241/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
GCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCT > NZ_CP025268/539428‑539701 | gCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGcccc < 1:698747/140‑1 (MQ=255)gCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGcccc > 2:8188973/1‑140 (MQ=255) ccGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGCATCACGAAACCCCTCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTg < 2:2405880/140‑1 (MQ=255) gTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCa < 1:2274319/140‑1 (MQ=255) 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cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAt > 2:30861/1‑140 (MQ=255) cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAt > 1:8607478/1‑140 (MQ=255) cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAt > 2:118974/1‑140 (MQ=255) cgcgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAt > 1:8117041/1‑140 (MQ=255) cgTATCACGAAAACCTTCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATtc > 2:473061/1‑140 (MQ=255) cgTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTACTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAGtc > 2:5844350/1‑140 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(MQ=255) tATCCTTACACATCAGCAGTAATCTGTCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGNTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTNTTCTTTAt < 1:5606155/140‑1 (MQ=255) ccTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTAtttt > 2:5155370/1‑140 (MQ=255) aaCATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCa > 2:5267495/1‑140 (MQ=255) aCATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCaa < 1:968516/140‑1 (MQ=255) cATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAac < 1:2001926/140‑1 (MQ=255) aTCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca < 2:3524332/140‑1 (MQ=255) aTCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAaca < 2:8762058/140‑1 (MQ=255) tCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAacac < 2:4621629/140‑1 (MQ=255) acagcagTAAAAAGGCCCCTGCAATGCCCGCCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATAAGGATTTCAGTTGTTTTTCTTTAATTTTTGCAacac < 2:6173783/139‑1 (MQ=255) cagcagTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACg > 1:5331166/1‑140 (MQ=255) cagcagTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACg > 1:77569/1‑140 (MQ=255) agcagTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTCCTTTATTTTTTGCAACACgg > 1:6253564/1‑140 (MQ=255) cagTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGtt < 2:7379638/140‑1 (MQ=255) cagTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGtt < 2:4001766/140‑1 (MQ=255) atatGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTTTTTTTTGCAACACGGTTGTGGt > 2:4406597/4‑140 (MQ=255) aTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGt < 2:78084/140‑1 (MQ=255) aTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTGTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGt > 1:7655734/1‑140 (MQ=255) aTCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCAGTCTCCGGTTAAGGTGTGATTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGt < 1:4465684/140‑1 (MQ=255) aTCGGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGt < 1:3342693/140‑1 (MQ=255) tGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTtcc < 2:7058146/140‑1 (MQ=255) tGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTtcc < 2:8855095/140‑1 (MQ=255) | GCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCTCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCT > NZ_CP025268/539428‑539701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |