Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.6% | 2396.7 / NA | 697 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (358/334); minor base A (0/3); total (360/337) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 697 total aligned reads displayed.
ATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑T‑GATGT‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581069‑581337 | atatCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TAtttt > 1:835450/1‑140 (MQ=255) gtgtTGCGGAACCGTGTTGCTCCATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCGACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAAGATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTg < 2:8361003/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCCCCTGAGATTGAGTGGCCTACGAACCCGGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:1570580/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:6142657/140‑1 (MQ=255) 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1:3675010/1‑140 (MQ=255) cagcaCGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGaa > 2:5475281/1‑140 (MQ=255) aGAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaa < 1:4777112/140‑1 (MQ=255) gAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAATCTTTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTGTTAACATTCTCGAAATGATCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaaa > 2:1385017/1‑140 (MQ=255) gAACATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaaa > 1:7735104/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGT‑TGGATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 2:6248119/1‑140 (MQ=255) 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1:6533780/5‑140 (MQ=255) gATGC‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTATTGTGTTTGAAAAGATGACTTTCTGATTg > 2:8709884/1‑140 (MQ=255) | ATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGT‑T‑GATGT‑TATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581069‑581337 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |