Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 886,964 | A→G | *372* (TAA→TAG) S208S (AGT→AGC) |
yliI → gstB ← |
aldose sugar dehydrogenase YliI glutathione S‑transferase GstB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 886,964 | 0 | A | G | 99.6% | 1712.5 / NA | 494 | *372* (TAA→TAG) S208S (AGT→AGC) | yliI gstB | aldose sugar dehydrogenase YliI glutathione S‑transferase GstB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (219/273); minor base T (1/1); total (220/274) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 502 total aligned reads displayed.
AAAGTGACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAACTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTGCGATAGCGATAT > NZ_CP025268/886827‑887100 | aaaGTGACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATtagct < 2:507192/140‑1 (MQ=255) gACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTCTACGTTCTCACCTACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACgg < 2:3667388/140‑1 (MQ=255) gACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACgg < 1:4342376/140‑1 (MQ=255) gaagaTGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAat < 2:1570406/140‑1 (MQ=255) gaagaTGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTAATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGact > 1:6059631/1‑138 (MQ=255) gaTGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAatcat > 2:2472670/1‑140 (MQ=255) tGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAAtcatca < 1:638066/140‑1 (MQ=255) tGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAAtcatca < 2:1291130/140‑1 (MQ=255) tGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAAtcatca > 2:7522932/1‑140 (MQ=255) tGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAAtcatca < 1:3462995/140‑1 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1:4962840/140‑1 (MQ=255) aGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACg < 1:3617169/140‑1 (MQ=255) aGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCTGTGAGTTGCTGATACCCGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgc < 2:2799702/140‑1 (MQ=255) aGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgc > 1:2567419/1‑140 (MQ=255) aGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgc > 2:2355326/1‑140 (MQ=255) gCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcg > 2:102919/1‑140 (MQ=255) gCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcg > 2:6366491/1‑140 (MQ=255) cccACGCAATTATCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcga > 1:2067774/1‑140 (MQ=255) cccACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcga < 2:3796988/140‑1 (MQ=255) cGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCCGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcgatagc > 2:5527727/1‑140 (MQ=255) ttAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTGCGATAGCGatat < 1:1055946/140‑1 (MQ=255) | AAAGTGACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAACTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTGCGATAGCGATAT > NZ_CP025268/886827‑887100 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |