Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,161,210 | A→G | *270* (TAA→TAG) | pabC → | aminodeoxychorismate lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,161,210 | 0 | A | G | 99.5% | 1888.3 / ‑4.7 | 567 | *270* (TAA→TAG) | pabC | aminodeoxychorismate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (308/254); minor base T (3/0); total (313/254) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 567 total aligned reads displayed.
GAGTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAATCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTG > NZ_CP025268/1161073‑1161344 | gTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATTCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCATTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTATCCCCACATTGTGAGCGCCCGACTTAGTCAt > 2:9366786/1‑140 (MQ=255) gTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCAt > 2:3938052/1‑140 (MQ=255) gTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAAAGCCAGTGATGCCCCTATGTTCCTGTTGCGATGTCTACTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAAATAGTCAt > 2:1681301/1‑140 (MQ=255) tCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGGAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATAATTAACCCCACTTTGTGAGCGCCCGAAGTAGTCATg > 2:7578169/1‑140 (MQ=255) gcaggcagATGAGATTGGTATTTTTAATTCGTTAATTCCAGTGATGCCCCTATGTGCCAGTGGCGATGTCTCCATTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTATCCCCACTTTGTTAGCGCCCGAATTAGTCATGaaaaa > 1:2175593/1‑140 (MQ=255) caggcagATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATGaaaaaa < 2:8045727/140‑1 (MQ=255) caggcagATGAGAAGTTTATTTGTAATGCTTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCTTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTATGTGAGCGCCCGAATTAGTCAAGaaaaaa < 2:4557498/140‑1 (MQ=255) gcacATGAGATTGTTATTTCTAATGCGTTAATGCCAGTGCTGCCCGTATGTGACTGTTGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATGAAAAAAgtg < 2:7428418/140‑1 (MQ=255) cagATGAGATGGTTAGTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATGAAAAAAgtgt > 1:4340543/1‑140 (MQ=255) agatgGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGa < 2:2180834/140‑1 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aGCGCCCGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGatat > 1:3347831/1‑140 (MQ=255) cgcCCGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATAttt < 2:3788123/140‑1 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAATGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGGGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAATAAGAGACGATATTTAc > 2:865695/1‑140 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATACTCTTGTTATTGCTGGTGGTCCTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc > 2:1410975/1‑140 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc > 2:534739/1‑140 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc > 1:2328326/1‑140 (MQ=255) cccGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc > 2:4952925/1‑140 (MQ=255) cccGAAGTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAc > 2:1989149/1‑140 (MQ=255) cGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATACTCTTGTTATTGCGGGTGGGACTGGGGATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCGTGCCGACAGCAAATTGCTTATCACAGAAGAGACGATATTTAccc < 2:1072774/140‑1 (MQ=255) cGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAccc < 1:3006776/140‑1 (MQ=255) cGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAccc < 1:8327542/140‑1 (MQ=255) cGAATTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTAccc < 1:2643350/140‑1 (MQ=255) aaTTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTg < 1:9352029/140‑1 (MQ=255) aaTTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTg < 1:5189793/140‑1 (MQ=255) aaTTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTg > 2:5104879/1‑140 (MQ=255) aaTTAGTCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCGTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTg < 2:2442905/140‑1 (MQ=255) | GAGTCGTTGCAGGCAGATGAGATGGTTATTTGTAATGCGTTAATGCCAGTGATGCCCGTATGTGCCTGTGGCGATGTCTCCTTTTCGTCAGCAACGTTATATGAATATTTAGCCCCACTTTGTGAGCGCCCGAATTAATCATGAAAAAAGTGTTATTGATAATCTTGTTATTGCTGGTGGTACTGGGTATCGCCGCTGGTGTGGGCGTCTGGAAGGTTCGCCATCTTGCCGACAGCAAATTGCTTATCAAAGAAGAGACGATATTTACCCTG > NZ_CP025268/1161073‑1161344 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |