| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,211,261 | A→G | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 → | DUF4222 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,211,261 | 0 | A | G | 99.4% | 2705.5 / NA | 786 | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 | DUF4222 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (412/369); minor base T (2/3); total (414/372) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 786 total aligned reads displayed.
CAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAA > NZ_CP025268/1211125‑1211397 | cAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAgg < 2:5259986/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 1:1543868/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 1:3066927/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 1:4085666/140‑1 (MQ=255) aCTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTACATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCAt > 1:668821/1‑140 (MQ=255) aCTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAANAGAGGTCGGTCAt < 1:9105368/140‑1 (MQ=255) cTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATg < 2:409846/140‑1 (MQ=255) cGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGc < 1:8337537/140‑1 (MQ=255) aGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACt > 2:4269854/1‑140 (MQ=255) aGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACt > 2:8129428/1‑140 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(MQ=255) tCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAg > 1:8062598/1‑140 (MQ=255) tCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAg > 1:607509/1‑140 (MQ=255) aaCAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTaa < 2:4626667/140‑1 (MQ=255) cAGTTTCGTCGTAAATTCATGGAAATAGAGTTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATg < 2:8576361/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGATGTCGGTCATTAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 2:5758800/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg > 2:4377759/1‑140 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 2:2960602/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:8432809/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:8802756/140‑1 (MQ=255) cgtcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAg < 1:6550370/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 1:2071260/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGATATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt > 2:2620404/1‑140 (MQ=255) aaTTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGtgtgtg > 1:4354976/1‑140 (MQ=255) aGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTCTCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGc > 2:8320756/1‑140 (MQ=255) ggAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCa < 1:1842457/140‑1 (MQ=255) ggAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGGTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCa < 2:7479891/140‑1 (MQ=255) | CAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAA > NZ_CP025268/1211125‑1211397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |