Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,386,607 | A→G | pseudogene (969/1082 nt) | CXP41_RS07340 → | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,386,607 | 0 | A | G | 99.6% | 1838.7 / NA | 526 | pseudogene (969/1082 nt) | CXP41_RS07340 | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (244/280); minor base T (1/1); total (245/281) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 526 total aligned reads displayed.
CCCATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAATGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATACAGGGGGAAGGCATTCCCC > NZ_CP025268/1386470‑1386742 | cccATCGAGATGCGAATACGACCCGAAGATATTCAACCGCACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCACAATTAGCGTGGCAGAATTTTCCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTg < 2:2405355/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 2:8122198/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:3742656/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:2582540/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:2788562/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:2987383/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 2:2955828/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGAGATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:4657762/140‑1 (MQ=255) cATCGTGAAGGGAATACGCCCGGAAGATATTCATCCTGACGCGCAAGAGGAACATAACAGTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATGAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACTCCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:7704962/140‑1 (MQ=255) aTGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCCCGAGTTAGTGGTCCGTGCt > 2:6847744/1‑140 (MQ=255) aTGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCt < 1:960703/140‑1 (MQ=255) aTGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCt < 1:2902746/140‑1 (MQ=255) ggAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGt < 1:6175472/140‑1 (MQ=255) ggAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGt < 1:9457797/140‑1 (MQ=255) aaTACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGTAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGATCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGc > 2:8434708/1‑140 (MQ=255) aaTACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGc < 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gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTCAATGAt > 1:5661767/1‑140 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt > 2:7607488/1‑140 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt > 1:8419328/1‑140 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt > 1:6427006/1‑140 (MQ=255) ttCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATg < 2:4460892/140‑1 (MQ=255) aTCCTGACGCGCAAGAGGAAAATAACCTTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAAATTACCGGTGCGGAATTTTTTCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGATAGGGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAg < 2:1187866/140‑1 (MQ=255) tCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt > 1:166175/1‑107 (MQ=255) tCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAgg > 2:1499391/1‑140 (MQ=255) ccGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGga < 1:7821343/140‑1 (MQ=255) ccGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGga < 1:1214258/140‑1 (MQ=255) ccGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGga < 1:1017963/140‑1 (MQ=255) ccGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGga < 1:5379663/140‑1 (MQ=255) ccGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGCGCGTTAAATGATTATCATGCAGga < 1:7330371/140‑1 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGACTTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 2:7309496/1‑140 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCCCGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 2:8236393/1‑140 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 1:4053/1‑140 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 1:7216573/1‑140 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 1:5202186/1‑140 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 1:8020938/1‑140 (MQ=255) cgcgCAAGAGGAATATACCATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTACCCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCTCGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaaat < 2:2548507/140‑2 (MQ=255) gcAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAatat > 2:603807/1‑140 (MQ=255) gcAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAatat > 1:7637855/1‑140 (MQ=255) ggAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTAt < 2:7486073/140‑1 (MQ=255) aTTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGat < 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NZ_CP025268/1386470‑1386742 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |