Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NZ_CP025268 1,432,916 C→A L210L (CTG→CTT CXP41_RS07635 ← IS5‑like element ISKpn26 family transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NZ_CP0252681,432,9160CA100.0% 334.3 / NA 139L210L (CTG→CTTCXP41_RS07635IS5‑like element ISKpn26 family transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (53/86);  total (53/86)

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                      ttACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAgg               <  2:1646350/140‑1 (MQ=17)
                         ccTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCa            <  1:42402/140‑1 (MQ=17)
                         ccTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCa            <  2:7369841/140‑1 (MQ=17)
                           ttGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATg          <  2:2601337/140‑1 (MQ=17)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGc         >  2:3767635/1‑140 (MQ=17)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGc         >  1:4846432/1‑140 (MQ=17)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGc         >  1:4847093/1‑140 (MQ=17)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGc         >  2:1426643/1‑140 (MQ=17)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGc         >  2:5086/1‑140 (MQ=17)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCGGATTGAGGTCCTgg         >  2:6766481/1‑139 (MQ=255)
                            tGCCGGGACGCTCGGCGAGCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCCGCTCCTCGCGCGGGGGCGCTCCGGGGTCGCCGGCATCGGCTGAGAGAAATGGCTCCTCTCGGTGACGCAGAGTACGCAGCTGAGTGTGGTCATGc         >  2:9303035/1‑140 (MQ=2)
                             gCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCt        >  1:6291361/1‑140 (MQ=17)
                             gCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCt        >  1:4541196/1‑140 (MQ=17)
                             gCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCt        >  1:1452175/1‑140 (MQ=17)
                             gCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGGCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCGGTGGCGCGCCGGGGGAGCCGGCAGCGGCTGAGACACAGTGCTCCTCTCCATGACGCCGAGTCCCCAGCTGAGTGTGGGCAGGCt        >  2:3622680/1‑140 (MQ=2)
                              ccGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCAGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTc       <  2:176765/140‑1 (MQ=12)
                                 ggACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGTCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGtt    <  1:8093581/140‑1 (MQ=12)
                                   aCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTgg  <  1:7754800/140‑1 (MQ=11)
                                   aCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTgg  <  2:2744987/140‑1 (MQ=11)
                                   aCGCTCGGCGATCAGCCAGACCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTgg  <  2:2745056/140‑1 (MQ=2)
                                                                                                                                         |                                     
CGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGG  >  NZ_CP025268/1432779‑1432953

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: