Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,534,757 | A→G | pseudogene (2037/2037 nt) | CXP41_RS08125 → | RHS repeat protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,534,757 | 0 | A | G | 99.7% | 1298.3 / NA | 379 | pseudogene (2037/2037 nt) | CXP41_RS08125 | RHS repeat protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (59/319); minor base C (0/1); total (59/320) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
GTGGCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAAT‑AAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAA > NZ_CP025268/1534621‑1534890 | ggCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGc > 2:9023915/1‑140 (MQ=255) ggCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAAT‑AAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCa > 2:4302741/1‑140 (MQ=255) gCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAAT‑AAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCaa < 1:3266158/140‑1 (MQ=255) tGCCAAATTTAGAGATGAATGTATTGAAAAATATAACACTTGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAAT‑AAAAGCTAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCAtt < 2:7876435/140‑1 (MQ=255) 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2:65988/132‑1 (MQ=255) | GTGGCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAAT‑AAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAA > NZ_CP025268/1534621‑1534890 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |