Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,623,038 | A→G | *397* (TAA→TAG) | ydeA → | L‑arabinose MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,623,038 | 0 | A | G | 99.5% | 2181.9 / NA | 628 | *397* (TAA→TAG) | ydeA | L‑arabinose MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (301/324); minor base T (1/2); total (302/326) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 634 total aligned reads displayed.
AGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAATTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCTTGCCC > NZ_CP025268/1622903‑1623174 | taATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAg > 1:3421438/1‑140 (MQ=255) aGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCgg > 1:2391724/1‑140 (MQ=255) ttGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGcc < 2:2114375/140‑1 (MQ=255) ggTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTa > 2:4214295/1‑140 (MQ=255) ggTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTa > 1:7588624/1‑140 (MQ=255) gTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGTGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAAGAGTTGAAATGCCCAGTCGGGCCTTTTTTaa > 2:1008435/1‑140 (MQ=255) gTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCACTAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTaa > 2:1157303/1‑140 (MQ=255) gTCAATGTCGAGGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTaa < 2:7868676/140‑1 (MQ=255) gTCAAGGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTGTTGCCGCGTTAATGTGGTCAATCAGTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGTCGCACTAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTaa > 2:3956183/1‑140 (MQ=255) aTGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGt < 1:4682676/140‑1 (MQ=255) tGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTa < 1:4766787/140‑1 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGTAGAACAGACGCAATAGTTGAAATGCCCAGTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttg > 2:5823789/1‑139 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGTACAGACGCTATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 1:8034427/1‑140 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 1:2785148/1‑140 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 2:3413013/1‑140 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATAATTATATATCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGAAGCCATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 2:8934814/1‑140 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGGTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 2:232691/1‑140 (MQ=255) atTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTaa > 1:3903800/1‑140 (MQ=255) ttGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAAt < 1:6678639/140‑1 (MQ=255) tGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATg > 2:4376972/1‑140 (MQ=255) gTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGAt < 2:7070148/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cgcgGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATg > 2:278480/1‑140 (MQ=255) cgcgGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATg < 1:2104039/140‑1 (MQ=255) cgcgGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATGTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATg < 1:9006282/140‑1 (MQ=255) gcgGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACATACGCAAGAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGc > 2:5429300/1‑140 (MQ=255) cgGTGCCTGCTTTTGCCGAGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGAAACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCACATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGcc < 2:1758367/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGt < 1:1546600/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGATTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACTCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGACGt < 2:2665714/140‑1 (MQ=255) cTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGATGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTtaataat > 1:3255562/1‑140 (MQ=255) ttttGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTTACACTCGAAGAACAGACGCAATCGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTGTTAATGATTTCCAGGATGCCGTtaataata > 2:3021997/1‑140 (MQ=255) ttttGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTtaataata < 1:4487600/140‑1 (MQ=255) tGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAAc > 1:5960179/1‑140 (MQ=255) tGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAAc > 1:4952172/1‑140 (MQ=255) tGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATAATTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAAc > 2:8070199/1‑140 (MQ=255) ccGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTg < 2:3258180/140‑1 (MQ=255) ccGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTg < 1:8628402/140‑1 (MQ=255) ccGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTg < 1:3215211/140‑1 (MQ=255) ccGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTg < 1:3569175/140‑1 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1:6484644/140‑1 (MQ=255) tGGTCAATCATTATAGTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCcatac < 1:9276205/140‑1 (MQ=255) gTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCcatacat > 2:1984763/1‑140 (MQ=255) aTTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACACATACATACcagca > 2:7617623/1‑140 (MQ=255) tataTTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGAAGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAgg < 2:7450970/140‑1 (MQ=255) tttCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATc > 2:320711/1‑140 (MQ=255) 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1:7043778/1‑140 (MQ=255) gACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCAccc > 2:6485922/1‑140 (MQ=255) gACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCAccc > 1:1661283/1‑140 (MQ=255) gACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTATTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGATAATACTAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTGCAATGCCAcgc > 2:9247999/1‑138 (MQ=255) cGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCtt > 2:8226001/1‑140 (MQ=255) | AGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAATTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCTTGCCC > NZ_CP025268/1622903‑1623174 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |