Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,798,989 | T→C | *327* (TAA→TAG) | btuC ← | vitamin B12 ABC transporter permease BtuC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,798,989 | 0 | T | C | 99.5% | 1963.1 / NA | 568 | *327* (TAA→TAG) | btuC | vitamin B12 ABC transporter permease BtuC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (320/243); minor base A (1/2); total (322/246) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 568 total aligned reads displayed.
ACCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTC‑TTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCCTG > NZ_CP025268/1798852‑1799125 | aCCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTC‑TTTTTGCGGCTa > 1:4558631/1‑140 (MQ=255) cGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTC‑TTTTTGCGGCTAAc > 2:7968070/1‑140 (MQ=255) cGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTC‑TTTTTGCGGCTAACGTc < 2:3644622/140‑1 (MQ=255) cGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTC‑TTTTTGCGGCTAACGTc < 2:3129378/140‑1 (MQ=255) 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1:9132912/1‑140 (MQ=255) tGCGGCTAACGTCCTGCTTTTAACAATCACCAGAGAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATCGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAAGATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGcccc < 2:6373367/140‑1 (MQ=255) cGGCTATCGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCCTg < 2:6879500/140‑1 (MQ=255) | ACCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTC‑TTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCCTG > NZ_CP025268/1798852‑1799125 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |