Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,867,449 | G→A | intergenic (‑205/‑137) | msrB ← / → gapA | peptide‑methionine (R)‑S‑oxide reductase MsrB/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,867,449 | 0 | G | A | 99.8% | 1625.5 / NA | 420 | intergenic (‑205/‑137) | msrB/gapA | peptide‑methionine (R)‑S‑oxide reductase MsrB/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
TGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATAT > NZ_CP025268/1867312‑1867585 | tGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTgagg < 1:3220136/140‑1 (MQ=255) tGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACAATTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTgagg < 1:1649553/140‑1 (MQ=255) gCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCACGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCg > 2:2281615/1‑140 (MQ=255) aaaTTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGagt < 1:9493470/140‑1 (MQ=255) 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aGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCtggt > 1:6232737/1‑140 (MQ=255) ggAAGAGTGAGGCGAGTCAGGCGCGTACTGCTGAGGCACAGGATTGATTGGGCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCtggtg < 2:8339844/140‑1 (MQ=255) cgAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGTATTTATTTGTCGCAATGATAGACACGATTCCGCTTTACGCTGCGTAATGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTATTATACACTAACAAATAGCtggtg < 2:5160824/139‑1 (MQ=255) aaGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGa < 1:2905757/140‑1 (MQ=255) aaGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGa < 2:7939033/140‑1 (MQ=255) gagTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGTTTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAAGCTTTTATTCACTAACTAATAGCTGGTGGAat > 1:8914268/1‑140 (MQ=255) gagTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCCACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAat > 1:4687471/1‑140 (MQ=255) gagTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAat > 2:8729961/1‑140 (MQ=255) agTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAata < 1:1440001/140‑1 (MQ=255) agTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAata < 1:7919976/140‑1 (MQ=255) agTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAAAATCTGGTGGAata > 2:8903661/1‑140 (MQ=255) | TGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATAT > NZ_CP025268/1867312‑1867585 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |