| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,026,925 | A→G | *90* (TAA→TAG) | fliQ → | flagellar biosynthesis protein FliQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,026,925 | 0 | A | G | 99.8% | 1884.1 / NA | 551 | *90* (TAA→TAG) | fliQ | flagellar biosynthesis protein FliQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (336/214); minor base T (1/0); total (337/214) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 551 total aligned reads displayed.
AACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAACCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAA > NZ_CP025268/2026788‑2027061 | aaTGACGCTGTCGTTTAGTCCGAACATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACt < 1:1732897/140‑1 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTCGCCGTACTAt > 2:8277065/1‑140 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTAt > 2:7787519/1‑140 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTAt > 2:8673455/1‑140 (MQ=255) tGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCAGTATTATTGGCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGGTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTAt > 1:6396416/1‑140 (MQ=255) gACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATg < 2:3692098/140‑1 (MQ=255) aCGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTCTTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGGTCACTAACCTGCCGTCTATCATCGGGTCGCCGTACTATGt > 1:5479929/1‑140 (MQ=255) gTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAg > 1:3997123/1‑140 (MQ=255) gTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTAAATATGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTAACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTg > 1:209189/1‑140 (MQ=255) tATTCTGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCATGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGTGTAGCCGTACTATGTTGCAGGAGACa > 2:5738563/1‑140 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tttATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGt < 1:8035668/140‑1 (MQ=255) ttATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGtt < 1:7327320/140‑1 (MQ=255) tATCGCCATTATTAGTGCCGGACCGAGGATGCACAATCTGTTGCTTGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTa < 2:7516100/140‑1 (MQ=255) aTCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTaa > 2:5170045/1‑140 (MQ=255) aTCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTaa > 2:8043058/1‑140 (MQ=255) cGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAAc > 2:4831403/1‑140 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ggATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTgcg < 1:5210668/140‑1 (MQ=255) tCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCAGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCt > 1:8827038/1‑140 (MQ=255) cAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCAACTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTg > 2:3408632/1‑140 (MQ=255) tCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGgcg < 1:4279685/140‑1 (MQ=255) tCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGgcg < 2:5393118/140‑1 (MQ=255) tCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGgcg < 2:5537465/140‑1 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atctcatcGGGTAGCCGTACTAGGTAGCAGGTGACAAGCGAACACTGGCTATCCTGGTTACCCCTGTACTTCGGGCCGGTACGGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGaa < 2:8510303/137‑1 (MQ=255) atatCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGaa < 1:6190936/140‑1 (MQ=255) atcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACggg < 1:8563127/140‑1 (MQ=255) atcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACggg < 2:1445447/140‑1 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:7664802/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:8104474/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:3393592/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:2303046/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 2:2917341/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCCTACCGAAACGGGt > 1:3540652/1‑140 (MQ=255) tcGGGTAGCCGTACTATGTTGAAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGACGTTACTGCGCGTGCTGGCGCAGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGt > 1:281090/1‑140 (MQ=255) ggTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTcaa > 2:1553658/1‑140 (MQ=255) ggTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTaaa > 1:4669815/1‑140 (MQ=255) ggTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTaaa > 2:2340223/1‑140 (MQ=255) ggTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTaaa > 1:1473792/1‑140 (MQ=255) | AACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATATCATCGGGTAACCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAA > NZ_CP025268/2026788‑2027061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |