Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,077,264 | C→T | R563W (CGG→TGG) | agn43 → | autotransporter adhesin Ag43 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,077,264 | 0 | C | T | 99.2% | 2893.0 / NA | 753 | R563W (CGG→TGG) | agn43 | autotransporter adhesin Ag43 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (430/315); minor base A (0/6); total (430/323) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 753 total aligned reads displayed.
GCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAA > NZ_CP025268/2077127‑2077400 | cACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGa < 1:8509446/140‑1 (MQ=255) cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGTATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAat > 1:3001053/1‑140 (MQ=255) gacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATcc < 1:6421980/140‑1 (MQ=255) gaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCAGTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATa < 1:7461229/140‑1 (MQ=255) cGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACg < 2:2122653/140‑1 (MQ=255) aGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCAc < 1:7172737/140‑1 (MQ=255) aGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCAc < 2:7718771/140‑1 (MQ=255) gTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACg < 1:914291/140‑1 (MQ=255) aCCGTCACCACGGATGTCATAGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGt < 1:8032123/140‑1 (MQ=255) ccGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTg < 1:1011017/140‑1 (MQ=255) gTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCa < 2:6480796/140‑1 (MQ=255) tCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAg > 1:7626601/1‑140 (MQ=255) caccacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 1:5395505/140‑1 (MQ=255) caccacGGATGTCATGGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGt < 2:2316936/140‑1 (MQ=255) accacGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTc > 1:5865550/1‑140 (MQ=255) acGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggt > 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gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 2:9277209/140‑1 (MQ=255) gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 2:810698/140‑1 (MQ=255) gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 2:4932361/140‑1 (MQ=255) gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 1:6657206/140‑1 (MQ=255) tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAt < 2:4593920/140‑1 (MQ=255) tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAt < 2:8424973/140‑1 (MQ=255) tCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAt < 1:1214829/140‑1 (MQ=255) ttGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGAc < 1:3671177/140‑1 (MQ=255) ttGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAAGGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGAc < 1:128425/140‑1 (MQ=255) tGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGGGGATGAcc > 1:6258128/1‑140 (MQ=255) cAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAg < 1:4367939/140‑1 (MQ=255) cAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAg < 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ccgCCCTGCAGCTGACCGGCAGCTCTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCTCGCACGTCCCGCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATACCGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGCTGCCCACAGCCATGCCGGa < 2:2692099/138‑1 (MQ=255) cccTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAg > 1:5663922/1‑140 (MQ=255) cccTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAg > 2:2481002/1‑140 (MQ=255) cccTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAg > 1:2534427/1‑140 (MQ=255) aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCa > 2:6730765/1‑140 (MQ=255) aaGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCa > 1:1551440/1‑140 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agcaCAGTGCGGAACGGTGCCATTGACCCCACGAAGCTCACGCTCGCCTCCGGTGCCACCAGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGAGTCATTTCACCTCCAc < 1:3170780/140‑1 (MQ=255) tgtgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGca < 2:3316558/140‑1 (MQ=255) tgtgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGAGAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGca < 2:7072699/140‑1 (MQ=255) tgtgCTGAACGGTGCCAGTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGca > 1:390476/1‑140 (MQ=255) gtgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGcac > 2:9409912/1‑140 (MQ=255) tgCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGcaca > 1:6729800/1‑140 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tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCg > 2:415130/1‑140 (MQ=255) tGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGAGTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCg > 2:7389860/1‑140 (MQ=255) gCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGt < 1:4073356/140‑1 (MQ=255) ttGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCg > 1:4511601/1‑140 (MQ=255) cccACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAAc > 1:2312664/1‑140 (MQ=255) cccACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAAc > 1:7812489/1‑140 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1:6507401/1‑140 (MQ=255) tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGAGAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATGTCACCTGCACCCGCCCAGGGGCGTGCGTACCGGCTACCCTGAAAGTg > 2:8295828/1‑140 (MQ=255) cACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGa < 1:8365283/140‑1 (MQ=255) ctcGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGaaaaa > 1:5276718/1‑140 (MQ=255) cGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAAcc > 1:940814/1‑140 (MQ=255) gCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCACCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCAATTCACCTCCACCCGCACAGGCAAGTTCGAACCGGCAACCCAGAAAGTGAAAAACCt > 2:8679366/1‑140 (MQ=255) cTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGa < 1:3530748/140‑1 (MQ=255) cTCCGGTGCCACCTGGAAGCTCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGAGGACCACAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGa < 2:8814672/140‑1 (MQ=255) tCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGaa < 2:1556646/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 1:3343341/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 1:1406705/140‑1 (MQ=255) tGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGAc > 1:2837942/1‑140 (MQ=255) tGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGAc > 2:7192916/1‑140 (MQ=255) tGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATGTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAATACCTGAACGGAc > 2:1678516/1‑140 (MQ=255) ccACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAg > 2:3070723/1‑140 (MQ=255) cACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGa < 2:434954/140‑1 (MQ=255) aCCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGaa > 1:6031686/1‑140 (MQ=255) | GCACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAA > NZ_CP025268/2077127‑2077400 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |